결합 부위 정의하기 (2)
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결합 부위 정의하기 (1)를 통해 결합 부위를 설정한 후, 왼쪽 [ Receptor ] 탭에서 결합 부위 구성 요소들을 선택할 수 있습니다. 해당 정보에 대해 하나씩 설명 드리겠습니다.
결합 부위를 구성하는 한 개 이상의 chain을 선택합니다. 모든 chain을 선택해도 문제는 없지만 사용 편의성을 위해 결합 부위를 구성하는 chain만을 선택하는 것을 권합니다.
결합 부위 정의하기 (1)에서 리간드를 선택하셨다면 왼쪽 3D viewer를 통해 리간드와 인접하는 chain을 선택하실 수 있습니다.
예제에선 인접 chain A와 D를 구성요소로 선택하였습니다.
두 번째는 보조인자(cofactor)에 관한 정보입니다. 보조인자가 결합 부위 인근에 위치하여 약물의 결합에 영향을 줄 수 있는 경우 선택합니다.
하이퍼랩은 자동으로 리간드와 보조인자를 인식하여 선택하지만, 예외적인 상황이 존재할 수 있으니 설정이 올바른지 꼭 확인하시기 바랍니다.
예제에서 보조인자 [ A-MG-201 ], [ A-GCP-202 ], [ D-MG-201 ], [ D-GCP-202 ]가 존재하지만 결합 부위에서 먼 위치이기 때문에 선택하지 않았습니다.
보조인자의 결합 구조를 좀 더 자세히 살펴보기를 원한다면 각 구성 요소 이름 오른쪽에 있는 돋보기 아이콘을 클릭하세요.
여러 개의 chain으로 구성되어 있는 PDB 구조의 경우, 각 단백질 chain에 보조인자가 존재할 수 있습니다. 사용할 보조인자가 선택한 단백질의 결합 위치에 있는지 확인하시기 바랍니다.
보조인자 목록에는 리간드도 포함되어 있습니다. 리간드를 보조인자로 선택하면 올바른 결과를 얻을 수 없습니다. 보조인자 목록에서 리간드 선택이 해제되어 있는지 반드시 확인해 주세요.
세 번째는 물 분자 정보입니다.
PDB ID를 통해 단백질 구조를 불러왔다면 물 분자가 포함되어 있는 경우가 많은데, 이때 물 분자의 위치가 중요하며 실제 리간드 상호작용에 큰 영향을 미친다면 이를 포함할 수 있습니다.
위 예시에서는 표적 단백질-리간드 상호작용에 물 분자의 영향을 받지 않기 때문에 체크하지 않았습니다.
