결합 부위 정의하기 (2)

• 결합 부위 정의하기 (1)를 통해 결합 부위를 설정한 후, 왼쪽 [ Receptor ] 탭에서 결합 부위 구성 요소들을 선택할 수 있습니다. 해당 정보에 대해 하나씩 설명 드리겠습니다.

1. 단백질 chain 선택

• 결합 부위를 구성하는 한 개 이상의 chain을 선택합니다. 모든 chain을 선택해도 문제는 없지만 사용 편의성을 위해 결합 부위를 구성하는 chain만을 선택하는 것을 권합니다.

• 결합 부위 정의하기 (1)에서 리간드를 선택하셨다면 왼쪽 3D viewer를 통해 리간드와 인접하는 chain을 선택하실 수 있습니다.

• 예제에선 인접 chain A와 D를 구성요소로 선택하였습니다.

2. 보조인자(Cofactor) 선택

• 두 번째는 보조인자(cofactor)에 관한 정보입니다. 보조인자가 결합 부위 인근에 위치하여 약물의 결합에 영향을 줄 수 있는 경우 선택합니다.

• 하이퍼랩은 자동으로 리간드와 보조인자를 인식하여 선택하지만, 예외적인 상황이 존재할 수 있으니 설정이 올바른지 꼭 확인하시기 바랍니다.

• 예제에서 보조인자 [ A-MG-201 ], [ A-GCP-202 ], [ D-MG-201 ], [ D-GCP-202 ]가 존재하지만 결합 부위에서 먼 위치이기 때문에 선택하지 않았습니다.

보조인자의 결합 구조를 좀 더 자세히 살펴보기를 원한다면 각 구성 요소 이름 오른쪽에 있는 돋보기 아이콘을 클릭하세요.

여러 개의 chain으로 구성되어 있는 PDB 구조의 경우, 각 단백질 chain에 보조인자가 존재할 수 있습니다. 사용할 보조인자가 선택한 단백질의 결합 위치에 있는지 확인하시기 바랍니다.

보조인자 목록에는 리간드도 포함되어 있습니다. 리간드를 보조인자로 선택하면 올바른 결과를 얻을 수 없습니다. 보조인자 목록에서 리간드 선택이 해제되어 있는지 반드시 확인해 주세요.

3. 물 분자 선택

• 세 번째는 물 분자 정보입니다.

• PDB ID를 통해 단백질 구조를 불러왔다면 물 분자가 포함되어 있는 경우가 많은데, 이때 물 분자의 위치가 중요하며 실제 리간드 상호작용에 큰 영향을 미친다면 이를 포함할 수 있습니다.

• 위 예시에서는 표적 단백질-리간드 상호작용에 물 분자의 영향을 받지 않기 때문에 체크하지 않았습니다.