Binding site ligand 활용

Bench 화면의 Binding site ligand 정보 및 On/Off 기능

Bench에 활성화되어 있는 단백질의 Binding site ligand 3D 구조를 활용하여 하이퍼 바인딩 계산과 하이퍼 디자인을 진행할 수 있습니다.

1. Bench에서 Binding site ligand 표시

Bench에 단백질을 활성화한 뒤, Bench 상단의 Binding site ligand 보기 버튼을 클릭하면 현재 활성화된 단백질의 Binding site ligand 정보가 Bench 상단에 고정되어 표시됩니다.

1.1. Binding site ligand의 표시 방법

[주의] Binding site ligand를 활용할 수 있는 단백질은 다음의 조건을 모두 충족해야 합니다.

1. 2025년 6월 19일 업데이트 이후에 새로 추가된 단백질

2. 3D structure 타입으로 추가된 단백질

3. 단백질 추가 시 Binding site 탭에서 Ligand를 1개만 선택하거나, 분자가 1개만 존재하는 Ligand 파일을 직접 업로드한 단백질

Binding site ligand를 Bench에서 표시하는 방법은 다음과 같습니다.

1

2025년 6월 19일 업데이트 이후에 새로 단백질을 추가합니다.

2

단백질 추가 시 3D structure를 선택합니다.

Sequence 타입은 Binding site ligand 정보를 표시할 수 없습니다.

3

단백질 추가 화면의 Binding site 탭에서 Ligand를 1개만 선택하거나, 분자가 1개만 존재하는 Ligand 파일을 직접 업로드합니다.

4

단백질 추가를 완료 후, 추가한 단백질을 Bench에 활성화합니다.

1.2. Bench에 표시되는 Binding site ligand 활용

Bench에 표시된 Binding site ligand의 정보는 다음과 같이 활용할 수 있습니다.

1. Bench에 표시되는 Binding site ligand의 정보는 활성 단백질에 따라 변경되며, Bench에 활성화된 단백질이 없으면, Binding site ligand 정보는 표시되지 않습니다.

2. Binding site ligand의 정보는 일반 분자와 동일하게 데이터의 편집이 가능하나, 삭제할 수 없습니다.

3. Binding site lignad의 정보는 추가된 단백질이 삭제되었을 때 삭제됩니다.

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2. Binding site ligand의 하이퍼 바인딩

Binding site ligand의 하이퍼 바인딩 결과는 기존 하이퍼 바인딩과 달리 사용자가 입력한 3D 구조 기반으로 Local optimize 되어 제공됩니다.

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3. Binding site ligand 하이퍼 디자인

Binding site ligand의 하이퍼 디자인은 사용자가 단백질 추가 시 입력한 Binding site ligand의 3D 구조 기반으로 하이퍼 디자인이 실행되므로, X-ray 구조 그대로를 활용하여 하이퍼 디자인을 실행할 수 있습니다.