전체 기능

3D 뷰어의 모든 기능에 대해 설명합니다.

1. Fold All

메뉴를 접습니다. Fold All / Unfold All 기능을 통해 모든 메뉴를 한 번에 접거나 펼칠 수 있습니다.

2. Binding Pocket Display

2-1. 결합 부위에 표시할 원자 및 잔기 설정 결합 부위에서 시각화할 구성 요소를 선택할 수 있습니다. 각 항목의 체크 여부에 따라 화면에 표시되는 정보가 달라집니다.

2-2. Surface near Clipping 관심 영역으로 정의된 표면에만 렌더링을 제한하는 컴퓨터 그래픽 기술입니다.

2-3. Surface radius Clipping 사이드체인의 반경을 기준으로 렌더링을 제한하여 결합 부위의 표면 영역을 정의하는 컴퓨터 그래픽 기술입니다.

2-4. Surface opacity 결합 부위의 표면을 보고 싶을 경우, 슬라이더를 50% 이상으로 이동시키면 표면이 표시됩니다. 이 기능은 분자 간의 반발 관계(repel)를 시각적으로 확인할 때 유용합니다.

2-5. Pocket radius 분자를 기준으로 설정되는 결합 포켓 반경입니다. 기본값은 5Å이며, 해당 거리 내의 상호작용 을 확인할 수 있습니다.

3. Interaction Entities

3-1. Receptor-Ligand 수용체와 리간드 간의 상호작용을 표시합니다.

3-2. Ligand-Ligand 리간드 간의 상호작용(intermolecular interaction)을 표시합니다.

3-3. Receptor-Receptor 수용체 내부에서 발생하는 잔기 간 상호작용을 표시합니다.

3-4. Ligand-Water 리간드와 물 분자 간의 상호작용을 표시합니다. 물 분자가 시스템 내에 존재하는 경우에만 적용됩니다.

3-5. Receptor-Water 수용체와 물 분자 간의 상호작용을 표시합니다. 물 분자가 시스템 내에 존재하는 경우에만 적용됩니다.

4. Interaction Types

4-1. Covalent 공유 결합(covalent interaction)을 표시합니다.

4-2. Clash 잔기와 리간드 간의 충돌(clash)을 표시합니다.

4-3. VdW (van der Waals) 반데르발스 상호작용을 표시합니다.

4-4. Hydrogen bond 수소 결합을 표시합니다. 기준값:

$$r\ \ \le\ \ r_{HB}\ = 0.34\ nm$$

$$90^o\ \le\ \alpha\ \le\ 180^o$$

4-5. Weak hydrogen bond 약한 수소 결합을 표시합니다.

$$r\ \ \le\ \ r_{HB}\ \ = 0.38\ nm$$

$$90^o\ \le\ \alpha\ \le\ 180^o$$

4-6. Ionic 정전기적 결합(Electrostatic bond, salt bridge)을 표시합니다.

e.g.) GLU-LYS

4-7. Metal 단백질 내 금속 원자와 분자 사이의 상호작용을 표시합니다.

4-8. Hydrophobic 소수성 상호작용을 표시합니다. 이는 van der Waals 상호작용의 한 형태이며, 분자의 소수성 부분과 단백질의 소수성 잔기 사이의 상호작용을 나타냅니다.

4-9. Cation-Pi Cation-Pi 상호작용을 표시합니다. 분자의 양전하 부분과 방향족 고리(TYR, PHE, TRP)를 가진 잔기 사이 또는 양전하 잔기(ARG, LYS)와 방향족 고리 사이의 상호작용을 시각화합니다.

4-10. Pi-Pi Pi-Pi 상호작용을 표시합니다. 분자의 방향족 고리와 방향족 잔기(TYR, PHE, TRP) 사이의 상호작용을 나타냅니다.

5. Binding Pocket Residue

5-1. Structure Type 잔기의 표시 방식입니다. Stick 또는 Ball and Stick 형식 중 선택할 수 있습니다.

5-2. Structure Stick Radius 막대기의 굵기를 조절합니다. 슬라이더를 사용하여 더 두껍거나 얇게 조정할 수 있습니다.

5-3. Label Type 아미노산 잔기 표기 방식입니다. 1글자(1-letter) 또는 3글자(3-letter) 형식 중 선택할 수 있습니다.

5-4. Label Size 라벨의 크기를 조절합니다.

5-5. Label Color 라벨의 색상을 검정 또는 흰색으로 설정할 수 있습니다. 다크 모드에서는 자동으로 조절됩니다.

5-6. Background 라벨 배경의 형태를 설정합니다. 없음(None) / 테두리 사각형(Hollow rectangle) / 채운 사각형(Filled rectangle) 중 선택할 수 있습니다.

5-7. Background Color 라벨 배경의 색상을 검정 또는 흰색으로 설정합니다. 이 역시 다크 모드에서는 자동으로 조절됩니다.

6. Protein

6-1. Type 단백질의 표시 형식을 선택합니다.

• Cartoon: 리본 구조로 표시

• Backbone: 주사슬만 표시

• Ball and Stick: 원자와 결합을 공과 막대 형태로 표시

• Rocket: 알파-나선 및 베타-시트를 강조한 형식

• Surface: 단백질 표면만 표시

• Hide: 단백질 구조 숨기기

6-2. Color by 단백질의 색상을 지정하는 기준을 선택합니다.

• Chain name: 체인 이름별 색상

• Residue index: 잔기 순서에 따른 색상

• B-factor: B-factor 값에 따른 색상 (3D structure 단백질에서만 제공)

• Confidence Level: 예측 정확도에 따른 색상 (Sequence 단백질에서만 제공)

• Custom: Sequence 단백질은 Ligand Display에서 각 object마다 사용자 색상 설정이 가능하며, 3D structure 단백질에서는 공통으로 적용되는 하나의 색상을 설정 가능

6-3. Hydrogen 수소 원자를 표시할지 여부를 설정합니다.

6-4. Water 물 분자를 표시할지 여부를 설정합니다.

7. Ligand

7-1. Structure Type 리간드의 구조 표시 형식을 선택합니다.

• Stick: 막대 구조

• Ball and Stick: 공과 막대 구조

7-2. Stick Radius 막대기의 굵기를 슬라이더로 조정할 수 있습니다. 더 두껍거나 얇게 설정할 수 있습니다.

7-3. Surface Type 리간드 표면 표시 방식을 선택합니다.

• Hide: 표면 숨기기

• Solid: 단단한 표면 표시

• Mesh: 메쉬 형태의 표면 표시

7-4. Color by 리간드 표면 색상을 결정하는 기준입니다.

• Electrostatic: Electrostatic 기반 색상

• Custom: 사용자 지정 색상

7-5. Opacity 리간드 표면의 투명도를 슬라이더를 이용해 조절할 수 있습니다.

8. Screen Shot

현재 3D Viewer의 시점에서 보이는 화면을 이미지로 내보낼 수 있습니다.

9. 탭 열기/닫기 (Close/Open Tab)

하단 탭을 표시하거나 숨길 수 있습니다.

10. Fullscreen

전체 화면 모드로 전환하거나, 전체 화면을 종료할 수 있습니다.

11. Ligand Display

자세한 내용은 Ligand Display 페이지를 참고하세요.

12. Show 2D Diagram

토글 버튼을 클릭해 2D molecular interaction tab을 확인할 수 있습니다.

13. 2D Ligand View

선택한 Conformer의 2D 구조 이미지를 확인할 수 있습니다.