Ligand Display

• 3D 뷰어의 Ligand Display 영역 사용 방법 입니다.

• Molecule을 다루기 위한 여러가지 기능이 제공됩니다.

• 이러한 기능들은 구조에 대한 인사이트 제공에 도움이 됩니다.

Ligand Display

Ligand Display는 최대 7개의 정보를 보여줍니다. 단백질의 Type이 3D Structure일 경우 모든 분자에 대해 공통의 단백질 구조가 보여지며, Sequence일 경우 각 행마다 조금씩 다른 구조가 보여질 수 있습니다. 따라서 Sequence 단백질에 대해서는 Protein 색상 설정 기능이 추가로 제공됩니다.

• Mol ID: 분자 이름

• Conf. ID: Hyper Binding에서 생성된 Conformer ID

• BS (kcal/mol): Binding Score

• Magnifying Glass: 확대 기능

• 눈 모양 아이콘: 리간드와 단백질의 활성화/비활성화 기능. 두번 클릭시 핀으로 고정 가능.

• Ligand: 분자의 색상 설정. 원자에 적용

• Protein: 단백질 색상 설정.

• Mol ID 옆에 있는 화살표는 콘포머 목록을 숨기고 있다는 의미입니다 (예: 10개 중 9개 숨김).

• 해당 화살표를 클릭하면, 모든 Confomer와 그에 따른 결합 점수를 확인할 수 있습니다.

• 각 Confomer를 확인하려면, 눈 모양 아이콘을 클릭하세요.

• Ligand와 Residue 간의 상호작용을 3D로 자세히 보려면, 돋보기 아이콘을 클릭하세요.

• 특정 Confomer 또는 분자를 고정(Pin) 하려면, 눈 모양 아이콘을 클릭하여 자물쇠 아이콘이 나타날 때까지 누르세요.

• 자물쇠 아이콘이 표시된 상태에서는, 다른 Confomer의 눈 모양 아이콘을 클릭하여 두 구조 간의 차이를 비교할 수 있습니다.

• 모든 Confomer를 한눈에 보고 싶을 경우, 열 상단에 있는 눈 모양 아이콘을 클릭하세요.

3D 뷰어 디스플레이 모드 설정

• 배경을 검은색으로 변경하고 싶을 경우, 다크 모드를 사용할 수 있습니다.

• 다크 모드를 설정하려면, 오른쪽 상단에 있는 슬라이더를 클릭하세요.