3D 구조 단백질 추가

3가지 방법을 통해 3D 구조 단백질 등록이 가능합니다.

방법1. PDB ID를 입력하여 단백질 정보를 등록합니다

단백질의 3D 구조가 결정된 경우 (예: X-ray, Cryo-EM, NMR), PDB ID를 입력하여 정보를 불러올 수 있습니다.

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단백질 등록을 위해 단백질 추가 버튼을 클릭해 주세요.

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등록 유형이 3D structure 인것을 확인해 주세요.

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타입을 PDB로 선택 후, PDB ID를 입력해 주세요. PDB ID는 RCSB 사이트에서 찾을 수 있습니다.

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찾아보기 버튼을 클릭하면 단백질의 3D 구조뿐만 아니라, 단백질을 구성하는 Chain 및 small molecules에 대한 정보를 확인할 수 있습니다.

방법2. AlphaFold database에서 단백질 정보를 등록합니다

단백질의 3D 구조가 실험적으로 결정되지 않은 경우, 예측된 구조를 대신 사용할 수 있습니다. 이러한 예측 구조는 AlphaFold 웹페이지에 저장되어 있습니다.

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단백질 등록을 위해 단백질 추가 버튼을 클릭해 주세요.

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등록 유형이 3D structure 인것을 확인해 주세요.

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타입을 AlphaFold로 선택 후, UniProt ID를 입력해 주세요. UniProt ID는 UniProt 사이트에서 찾을 수 있습니다.

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찾아보기 버튼을 클릭하면 단백질의 3D 구조뿐만 아니라, 단백질을 구성하는 Chain 및 small molecules에 대한 정보를 확인할 수 있습니다.

AlphaFold 구조는 약물이 결합된 단백질의 구조(conformation)를 반영하지 않기 때문에, 약물의 구조적 세부 정보나 결합 부위(binding site)에 대한 정보를 제공하지 않습니다. 따라서 AlphaFold 구조를 사용할 경우, 사용자가 직접 binding site를 수동으로 정의해야 합니다 (determining binding site). 또한, 약물 결합 시 큰 구조적 변화를 겪는 단백질의 경우, AlphaFold는 약물 결합 구조 예측에 적합하지 않을 수 있습니다.

방법3. PDB파일을 직접 업로드하여 등록합니다

개인 단백질 구조이거나, 특정 목적을 위해 수정한 구조를 사용하고자 하는 경우, 구조 파일을 직접 업로드할 수 있습니다.

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단백질 등록을 위해 단백질 추가 버튼을 클릭해 주세요.

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등록 유형이 3D structure 인것을 확인해 주세요.

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타입을 Upload로 선택 후, 업로드할 PDB 파일을 기기에서 선택해 주세요.

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파일 업로드가 완료되면 단백질의 3D 구조뿐만 아니라, 단백질을 구성하는 Chain 및 small molecules에 대한 정보를 확인할 수 있습니다.

in silico 점 돌연변이(point mutation) 등으로 생성한 수정된 단백질 구조를 활용해야 하는 경우, 이 방법을 통해 구조 파일을 직접 업로드할 수 있습니다.