하이퍼랩업데이트 노트

ADME/T 계산하기

Hyper ADME/T는 등록된 분자의 PK/PD 특성 및 독성을 AI로 예측하는 기능입니다.

의약화학에서는 특정 화합물의 물리화학적 특성을 기반으로 흡수/투여(A), 분포(D), 대사(M), 배출(E), 독성(T) 등의 ADME/T 적합성을 고려해야 합니다. Hyper ADME/T는 이러한 핵심 특성 지표들을 AI 기술을 이용해 예측할 수 있으며, 총 세 가지 방법으로 계산을 수행할 수 있습니다.

방법 1. Bench에서 계산하기

Bench의 Hyper ADME/T 열에서 [실행] 버튼을 클릭하면 3D 뷰어 페이지로 진입할 수 있습니다.

방법 2. Molecule 상세 페이지에서 계산하기

  1. Bench에서 원하는 분자의 상세 페이지로 진입합니다.

  2. 스크롤을 내려 Propertise의 우측 [ADME/T 계산 실행] 버튼을 클릭합니다.

방법 3. Molecule 업로드 창에서 계산하기

화합물을 Bench에 새로 등록하면서 Hyper ADME/T 계산을 동시에 설정할 수 있습니다. 분자 업로드 창에서 ADME/T 계산 옵션을 활성화하면, 등록된 분자에 대해 자동으로 ADME/T 예측이 수행됩니다.

예측 결과 항목 설명 (Field / Property 설명)

  • Creation date: 분자가 등록된 날짜입니다.

  • Created by: 각 분자를 처음 등록한 사용자입니다.

  • Book mark: 중요한 분자에 북마크 기능을 활용해 표시할 수 있으며, 이 기능은 사용자 정의 분자 그룹을 구성하는 데에도 사용할 수 있습니다.

  • Hyper Screening: Hyper Screening 수행 시 사용된 라이브러리 태그입니다.

  • Lipinski rule: 흔히 말하는 Rule of 5 (RO5)입니다. RO5 기준은 다음과 같습니다: 분자량이 500 Da 이하, logP가 5 이하, 수소 결합 수용체가 10개 이하, 수소 결합 공여체가 5개 이하.

  • Veber’s (GSK rule): 이 룰을 만족하는 분자는 ADMET 특성이 우수할 가능성이 있습니다. 기준은 TPSA(총 극성 표면적)가 140 이하이고, 회전 가능한 결합이 10개 이하일 때입니다.

  • Solubility: 중성 pH에서의 용해도를 logS 단위(log [mol/L])로 예측합니다.

    • Insoluble: logS<−6logS < -6

    • Moderate: −6≤logS≤−4-6 \le logS \le -4

    • Soluble: −4≤logS-4 \le log S

  • Metabolic stability: ‘Unstable’은 인간 간 미소체 실험에서, 농도 1 µM 조건 하에서 30분 내에 해당 화합물이 50% 이상 분해될 가능성이 있다는 의미입니다.

  • PAMPA: ‘High’는 이 화합물이 7×10−6cm/s7 \times 10^{-6} cm/s 이상의 투과성을 가질 것으로 예측된다는 의미입니다.

  • BBB: ‘Permeable’은 이 화합물이 -1 이상의 값을 보여 뇌 투과성이 있을 것으로 예측됨을 의미합니다. 이는 뇌 내 농도가 최소 10%일 수 있음을 뜻합니다.

  • Druglikeness: 여기서 말하는 약물 유사성은 알려진 약물들의 밀도 추정 기반으로 예측됩니다. 수치가 100에 가까울수록 해당 화합물이 약물일 가능성이 높습니다. 주요 데이터베이스의 평균 값은 다음과 같습니다:

    • FDA 승인 약물: 74.5

    • ChEMBL 분자: 60.5

    • GDB-17 분자: 40.5 (현재 이 데이터베이스는 접근 불가 상태)

  • Synthesis complexity: 상용화된 빌딩 블록과 널리 알려진 화학 반응을 이용해 분자를 합성하는 데 필요한 단계 수를 예측한 값입니다. 참고: [J. Chem. Inf. Model. 2024, 64, 7, 2432–2444]

  • CYP1A2 inhibitor: 'Yes'는 해당 화합물의 CYP1A2에 대한 IC50이 10 µM 미만일 가능성이 있음을 의미합니다.

  • CYP1A2 substrate: 'Yes'는 이 화합물이 CYP1A2 효소의 기질일 가능성이 있음을 의미합니다.

  • CYP2C9 inhibitor: 'Yes'는 해당 화합물의 CYP2C9에 대한 IC50이 10 µM 미만일 가능성이 있음을 의미합니다.

  • CYP2C9 substrate: 'Yes'는 이 화합물이 CYP2C9 효소의 기질일 가능성이 있음을 의미합니다.

  • CYP2C19 inhibitor: 'Yes'는 해당 화합물의 CYP2C19에 대한 IC50이 10 µM 미만일 가능성이 있음을 의미합니다.

  • CYP2C19 substrate: 'Yes'는 이 화합물이 CYP2C19 효소의 기질일 가능성이 있음을 의미합니다.

  • CYP2D6 inhibitor: 'Yes'는 해당 화합물의 CYP2D6에 대한 IC50이 10 µM 미만일 가능성이 있음을 의미합니다.

  • CYP2D6 substrate: 'Yes'는 이 화합물이 CYP2D6 효소의 기질일 가능성이 있음을 의미합니다.

  • CYP3A4 inhibitor: 'Yes'는 해당 화합물의 CYP3A4에 대한 IC50이 10 µM 미만일 가능성이 있음을 의미합니다.

  • CYP3A4 substrate: 'Yes'는 이 화합물이 CYP3A4 효소의 기질일 가능성이 있음을 의미합니다.

  • hERG inhibitor: 'Yes'는 이 화합물의 IC50이 10 µM 미만일 가능성이 있음을 의미합니다.

  • P-gp inhibitor: 'Yes'는 이 화합물의 Reversal Fold (RF) 비율이 5 이상일 가능성이 있음을 의미하고, 'No'는 RF 비율이 4 미만일 가능성이 있음을 의미합니다.

    • P-glycoprotein (P-gp)은 종양 세포에서 다약제 내성(MDR) 현상을 유도할 수 있으며, RF 비율은 다약제 내성 역전(MDRR) 실험에서 사용됩니다.

    • RF = (Reversal Fold 값)

  • Chemical formula: 원자 조성 정보를 보여줍니다.

  • Heavy atoms: 수소를 제외한 분자 내 원자 수입니다.

  • Rotatable bonds: 회전 가능한 결합의 수입니다.

  • Hydrogen bond donors: 수소 결합 공여체 수입니다.

  • Hydrogen bond acceptors: 수소 결합 수용체 수입니다.

  • Molar refractivity: 해당 분자 1몰의 전체 분극률입니다.

  • FSP: sp3 혼성 탄소의 수 / 전체 탄소 수. 일반적으로 0.42 이상의 비율이 적합하다고 간주됩니다.

  • Experiment, IC50: 실험 기반 IC50 값입니다.

  • Experiment, EC50: 실험 기반 EC50 값입니다.

  • Tag: 분자 그룹을 구분하기 위한 사용자 정의 태그입니다.

  • Protein Target - Binding Score: Bench 또는 프로젝트 Bench에서 활성화된 단백질을 대상으로 한 HyperLab의 Binding Score입니다.

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