3D 구조 단백질 세부 설정
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단백질 구조를 불러왔다면 Receptor, Binding site, Box size의 세부 설정을 완료해 주세요.
수용체 결합 부위를 설정하려면 Receptor 탭으로 이동한 후, 결합 부위 구성 요소를 선택합니다.
결합 부위를 구성하는 하나 이상의 체인(chain)을 선택합니다.
모든 체인을 선택하는 것도 가능하지만, 사용 편의성을 위해 결합 부위를 구성하는 체인만 선택하는 것을 권장합니다.
리간드(ligand)를 선택한 경우, 왼쪽 3D 뷰어를 사용하여 리간드에 인접한 체인을 선택할 수 있습니다.
이 예시에서는 리간드에 인접한 A 체인과 D 체인을 구성 요소로 선택했습니다.
Rceptor 탭 영역을 스크롤하면 하단에서 cofactor 정보를 확인할 수 있습니다.
결합 부위 근처에 위치하여 약물 결합에 영향을 줄 수 있는 cofactor가 있는 경우, 해당 항목을 선택합니다.
HyperLab은 리간드와 cofactor를 자동으로 인식하고 선택하지만, 예외적인 경우가 있을 수 있으므로 설정이 올바른지 반드시 확인해주시기 바랍니다.
이 예시에서는 A-MG-201, A-GCP-202, D-MG-201, D-GCP-202 와 같은 cofactor가 존재하지만, 결합 부위에서 멀리 떨어져 있어 선택되지 않았습니다.
cofactor 목록에는 ligand도 함께 포함되어 있습니다. ligand를 cofactor로 선택할 경우, 잘못된 결과가 발생할 수 있습니다.
따라서 cofactor 목록에서 ligand가 선택되지 않도록 반드시 확인해주시기 바랍니다.
Receptor 탭 영역을 스크롤하면 하단에서 water 정보를 확인할 수 있습니다.
PDB ID를 사용하여 단백질 구조를 불러온 경우, 물 분자(water molecules)가 함께 포함되어 있는 경우가 많습니다.
이러한 물 분자의 위치는 중요할 수 있으며, 실제 리간드 상호작용에 큰 영향을 미치는 경우 포함할 수 있습니다.
위 예시에서는 물 분자가 표적 단백질과 리간드 간의 상호작용에 영향을 주지 않기 때문에 선택하지 않았습니다.
이 과정에서는 표적 단백질의 결합 부위를 구성하는 요소들을 선택합니다. 결합 부위 잔기(binding site residues), cofactor, 물 분자(water molecules) 등 단백질-약물 결합에 영향을 줄 수 있는 다양한 요소를 선택할 수 있습니다.
Binding site 탭에서 결합 부위의 위치와 크기를 설정할 수 있으며, 설정 방법은 총 세가지가 있습니다.
불러온 단백질 구조에 결합된 ligand를 선택하여 결합 부위를 설정합니다.
Ligands 섹션에서 결합 부위로 사용할 ligand를 선택하면, 해당 ligand의 구조와 결합 부위 박스가 자동으로 표시됩니다.
예시는 선택한 ligand A-R6W-203을 기준으로 결합 부위를 설정한 방법을 보여줍니다.
결합 부위를 구성하는 잔기 중 하나를 선택하여 결합 부위 박스를 설정하는 방법입니다.
이 방법은 결합 부위를 근사적인 박스 형태로 정의할 때 사용할 수 있습니다.
Select Residues를 클릭하면, 각 체인을 구성하는 residue들을 확인할 수 있습니다.
결합 부위를 구성하는 residue를 선택하면, 3D 뷰어에서 해당 잔기의 구조와 결합 부위 설정 박스를 확인할 수 있습니다.
이때 생성된 박스의 크기가 너무 작아 사용하기 어렵다면, 여러 residue를 선택해 결합 부위를 설정할 수 있습니다.
Select multiple를 클릭하면 두 개 이상의 잔기를 선택해 결합 부위를 구성할 수 있습니다.
잔기 선택을 통해 설정된 결합 부위 박스는 실제 결합 부위를 정확하게 반영하지 않을 수 있습니다. 필요에 따라 결합 부위 박스의 위치와 크기를 조정하는 방법은 박스 위치 및 크기 조정 섹션을 참고해주시기 바랍니다.
이 방법은 ligand의 구조 정보를 포함한 파일을 사용하여 결합 부위 박스를 설정하는 방식입니다. 결합 부위에 결합된 ligand의 구조 파일을 보유하고 있는 경우에 사용할 수 있습니다.
Upload 섹션의 Ligand Upload를 선택합니다. 활성화된 Select a file 버튼을 클릭하면 파일 선택 창이 열립니다.
리간드 위치 파일을 선택한 후 Open을 클릭하면, 단백질 구조와 함께 리간드 구조가 표시되며, 결합 부위 박스도 함께 나타납니다.
다음 단계로 진행하기 전에, 리간드가 결합 부위에 정확히 위치해 있는지 반드시 확인해주시기 바랍니다.
결합 부위 박스를 설정한 후, Box size information 섹션에서 박스의 위치와 크기를 조정할 수 있습니다.
Center와 Box size 항목을 클릭하여 숫자를 직접 입력할 수 있으며, 각 숫자 오른쪽에 있는 위아래 화살표를 클릭하면 1.0 Å 단위로 값을 조정할 수 있습니다.
