2024-06-14 업데이트 노트
2024년 6월 14일 하이퍼랩 업데이트 노트입니다.
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2024년 6월 14일 하이퍼랩 업데이트 노트입니다.
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분자 그리기 및 파일 업로드를 통해 분자를 추가하는 방식이 변경되었습니다.
기존에 버튼 클릭 후 실행되는 화면에서 분자 및 데이터를 추가하는 방식을 선택하는 방법에서 [분자/데이터] 버튼 클릭 후에 보여지는 리스트에서 분자 및 데이터를 추가하는 방식을 직접 선택 후 선택한 방식에 맞는 화면이 실행되는 방식으로 변경되었습니다.
분자 구조 뿐 아니라 파일 내 데이터를 직접 선택해서 Bench 내 필드의 데이터로 추가할 수 있도록 개선되었습니다.
Bench에서 [분자/데이터] 버튼에서 [파일 업로드]를 클릭 후 실행된 첫 화면에서는 기존과 동일하게 데이터를 추가할 파일을 업로드할 수 있습니다.
파일을 업로드하는 방법은 아래와 같습니다.
[파일 업로드 방법]
업로드 할 파일을 선택하여 추가합니다,
파일은 SDF, CSV, TSV, CDXML의 확장자를 가진 파일만 업로드가 가능합니다.
CSV와 TSV 확장자를 가진 파일은 다른 파일과 함께 업로드할 수 없습니다.
전체 파일 업로드할 파일 크기의 총합이 50MB이상인 경우, 업로드할 수 없습니다.
추가한 파일들을 확인 후 하단의 [추가] 또는 [다음] 버튼을 클릭하여 파일 업로드를 진행합니다.
[추가], [다음] 버튼은 업로드한 파일의 형식에 따라 다르게 표시됩니다.
추가 시 화면 하단의 하이퍼 ADME/T, 하이퍼 바인딩 버튼 체크를 통해 추가와 동시에 선택한 계산을 수행할 수 있습니다.
해당 계산은 랩스페이스 내 토큰 보유 여부 및 활성 단백질 존재 여부에 따라 선택이 불가능할 수 있습니다.
[파일 형식에 따른 업로드 방식]
SDF, CDXML 파일
SDF, CDXML 파일은 파일 업로드 시 하단의 [추가] 버튼 클릭 시 파일 내 분자가 정상적으로 Bench에 추가됩니다.
CSV, TSV 파일
CSV, TSV 파일은 각각 1개씩만 파일 업로드가 가능합니다. (다른 파일과 함께 여러개 동시 업로드 불가)
CSV, TSV 파일을 리스트에 추가 후 화면 하단의 [다음] 버튼을 클릭하여 다음 화면으로 이동합니다.
CSV, TSV 파일을 업로드 후 [다음] 버튼을 클릭한 경우, 업로드한 파일을 ‘신규 분자로 추가’하는 방법과 ‘기존 분자에 Merge’하는 방법 중 1개의 방법을 선택하여 업로드할 수 있습니다.
CSV와 TSV 파일을 업로드하는 과정에서 다음과 같은 기능을 활용할 수 있습니다.
[업로드 파일 미리보기]
업로드 할 파일이 정상적으로 인식되었는지 확인하는 영역입니다.
업로드 할 파일은 미리보기 형태로 제공되기에 테이블의 헤더 영역을 제외하고, 상위 5개의 행만 표시됩니다.
좌우 스크롤을 통해서 업로드한 파일의 모든 컬럼이 정상적으로 인식되었는지 확인할 수 있습니다.
[분자 이름 및 구조 컬럼 선택]
신규 분자로 추가에 필요한 핵심 데이터인 분자 이름과 분자 구조를 인식해서 추가하기 위한 영역입니다. 업로드 할 파일의 컬럼 이름을 선택하여 지정할 수 있습니다.
분자 이름과 분자 구조 컬럼 선택은 필수로 선택해야 합니다.
분자 이름 : Bench에 신규 분자로 추가될 때 ‘분자 이름’ 필드에 추가되는 컬럼의 데이터를 지정하는 영역입니다.
해당 영역의 리스트를 통해 파일 내에 존재하는 컬럼 중 ‘분자 이름’ 데이터로 지정할 수 있습니다.
업로드 할 파일 내 ‘Name’이라는 이름을 가진 컬럼이 있을 경우, 자동으로 추천 매칭이 이루어집니다.
분자 구조 : Bench에 신규 분자로 추가될 때 분자 구조 이미지로 표현하기 위한 Smiles 데이터가 포함된 파일 내 컬럼을 지정하는 영역입니다.
업로드 할 파일 내 ‘Structure’ 또는 ‘Smiles’라는 이름을 가진 컬럼이 있을 경우, 자동으로 추천 매칭이 이루어집니다.
[컬럼과 매칭할 사용자 필드 선택]
분자 이름과 분자 구조를 지정한 후 신규 분자를 추가할 때, 업로드 파일 내 남은 컬럼들의 데이터에 대한 추가 여부를 선택하는 영역입니다. 사용자는 해당 영역에서 업로드한 파일의 데이터 중 하이퍼랩에서 제공하지 않는 다른 데이터를 추가할 분자에 함께 추가할 수 있도록 선택할 수 있습니다.
업로드 할 파일의 컬럼 : 업로드 할 파일에 인식된 모든 컬럼이 표시됩니다. 사용자는 해당 컬럼들을 하이퍼랩 내의 사용자 필드의 데이터로 추가할 수 있습니다. 업로드 할 파일의 컬럼의 수는 해당 파일에서 인식된 컬럼의 수만큼 생성됩니다.
사용자 필드 : 업로드 할 파일의 컬럼 내 데이터를 Bench에 추가할 때 데이터를 추가할 사용자 필드를 선택하는 영역입니다. 사용자는 각 컬럼의 데이터를 다음과 같은 방식으로 지정하여 추가할 수 있습니다.
추가하지 않음 : 신규 분자로 추가할 때, 해당 컬럼의 데이터는 함께 추가되지 않습니다.
사용자 필드 선택 : 신규 분자로 추가할 때, 해당 컬럼의 데이터는 사용자가 리스트에서 선택한 필드의 데이터로 추가됩니다.
리스트에서 선택 가능한 사용자 필드는 사용자가 현재 Bench에서 이미 생성해 놓은 필드입니다. 데이터가 기존 사용자 필드로 추가될 때에는 기존 사용자 필드에 지정된 데이터 타입으로 컬럼의 데이터가 추가되어 Bench에서 표시됩니다.
리스트에서 선택된 사용자 필드는 다른 컬럼과 중복해서 매칭될 수 없습니다.
하이퍼랩에서 기본적으로 제공하는 데이터 필드에는 업로드 할 파일의 컬럼 데이터를 새로운 데이터로 덮어쓰거나 신규 추가할 수 없습니다.
업로드 할 파일 내 기존 필드 이름과 동일한 이름을 가진 컬럼이 있을 경우, 자동으로 추천 매칭이 이루어집니다.
새로운 필드로 추가 : 신규 분자로 추가할 때, 해당 컬럼의 데이터는 Bench 내 새로운 사용자 필드로 생성하여 추가됩니다. 새로운 필드로 추가할 경우에는, ‘데이터 타입’ 영역에서 컬럼의 데이터를 표시할 데이터 타입 선택이 필요합니다.
Merge key로 설정된 컬럼입니다 : 분자 이름 필드와 분자 구조 필드로 지정된 컬럼의 데이터는 새로운 필드나 다른 필드에 매칭되어 추가될 수 없습니다.
해당 컬럼을 다른 필드에 매칭하기 위해서는 분자 이름이나 분자 구조 필드와의 매칭에서 제외해야 합니다.
데이터 타입 : 컬럼의 데이터를 새로운 필드로 추가할 경우, 추가할 데이터의 타입을 지정이 필수로 필요합니다. 사용자는 컬럼의 데이터를 텍스트 / 숫자 / 태그 형태의 데이터 타입으로 추가할 수 있습니다.
[업데이트]
업로드 할 파일의 컬럼을 사용자 필드와 모두 지정하고, 데이터 타입까지 선택을 완료하면, [업데이트] 버튼 클릭을 통해 분자를 추가할 수 있습니다.
기존 분자에 Merge 기능은, 이미 Bench에 존재하는 분자에 새로운 데이터를 덮어씌우거나, 빈 값에 대해 데이터를 채울 때 사용되는 기능입니다.
기존 분자에 merge 화면에서도 신규 분자로 추가 기능과 유사한 기능을 다음과 같이 활용할 수 있습니다.
[업로드 파일 미리보기]
업로드 할 파일이 정상적으로 인식되었는지 확인하는 영역입니다.
업로드 할 파일은 미리보기 형태로 제공되기에 테이블의 헤더 영역을 제외하고, 상위 5개의 행만 표시됩니다.
좌우 스크롤을 통해서 업로드한 파일의 모든 컬럼이 정상적으로 인식되었는지 확인할 수 있습니다.
[분자 이름 및 구조 컬럼 선택]
신규 분자로 추가에 필요한 핵심 데이터인 분자 이름과 분자 구조를 인식해서 추가하기 위한 영역입니다. 업로드 할 파일의 컬럼 이름을 선택하여 지정할 수 있습니다.
분자 이름과 분자 구조 컬럼 선택은 필수로 선택해야 합니다.
분자 이름 : Bench에 신규 분자로 추가될 때 ‘분자 이름’ 필드에 추가되는 컬럼의 데이터를 지정하는 영역입니다.
해당 영역의 리스트를 통해 파일 내에 존재하는 컬럼 중 ‘분자 이름’ 데이터로 지정할 수 있습니다.
업로드 할 파일 내 ‘Name’이라는 이름을 가진 컬럼이 있을 경우, 자동으로 추천 매칭이 이루어집니다.
분자 구조 : Bench에 신규 분자로 추가될 때 분자 구조 이미지로 표현하기 위한 Smiles 데이터가 포함된 파일 내 컬럼을 지정하는 영역입니다.
업로드 할 파일 내 ‘Structure’ 또는 ‘Smiles’라는 이름을 가진 컬럼이 있을 경우, 자동으로 추천 매칭이 이루어집니다.
[컬럼과 매칭할 사용자 필드 선택]
분자 이름과 분자 구조를 지정한 후, 업로드 파일 내 남은 컬럼들의 데이터에 대한 추가 여부를 선택하는 영역입니다. 사용자는 해당 영역에서 업로드한 파일의 데이터 중 하이퍼랩에서 제공하지 않는 다른 데이터를 추가할 분자에 함께 추가할 수 있도록 선택할 수 있습니다.
업로드 할 파일의 컬럼 : 업로드 할 파일에 인식된 모든 컬럼이 표시됩니다. 사용자는 해당 컬럼들을 하이퍼랩 내의 사용자 필드의 데이터로 추가할 수 있습니다. 업로드 할 파일의 컬럼의 수는 해당 파일에서 인식된 컬럼의 수만큼 생성됩니다.
업데이트 할 사용자 필드 : 업로드 할 파일의 컬럼 내 데이터를 Bench에 추가할 때 데이터를 추가할 사용자 필드를 선택하는 영역입니다. 사용자는 각 컬럼의 데이터를 다음과 같은 방식으로 지정하여 업데이트할 수 있습니다.
추가하지 않음 : 기존 분자 데이터 필드에 해당 컬럼의 데이터를 업데이트하지 않습니다.
사용자 필드 선택 : Bench에 존재하는 기존 사용자 필드 내 데이터를 컬럼 내 데이터로 업데이트합니다.
리스트에서 선택 가능한 사용자 필드는 사용자가 현재 Bench에서 이미 생성해 놓은 필드입니다. 데이터가 기존 사용자 필드로 추가될 때에는 기존 사용자 필드에 지정된 데이터 타입으로 컬럼의 데이터가 추가되어 Bench에서 표시됩니다.
리스트에서 선택된 사용자 필드는 다른 컬럼과 중복해서 매칭될 수 없습니다.
하이퍼랩에서 기본적으로 제공하는 데이터 필드에는 업로드 할 파일의 컬럼 데이터를 새로운 데이터로 덮어쓰거나 신규 추가할 수 없습니다.
새로운 필드로 추가 : 신규 분자로 추가할 때, 해당 컬럼의 데이터는 Bench 내 새로운 사용자 필드로 생성하여 추가됩니다. 새로운 필드로 추가할 경우에는, ‘데이터 타입’ 영역에서 컬럼의 데이터를 표시할 데이터 타입 선택이 필요합니다.
Merge key로 설정된 컬럼입니다 : 분자 이름 필드와 분자 구조 필드로 지정된 컬럼의 데이터는 새로운 필드나 다른 필드에 매칭되어 추가될 수 없습니다.
해당 컬럼을 다른 필드에 매칭하기 위해서는 분자 이름이나 분자 구조 필드와의 매칭에서 제외해야 합니다.
업데이트 방식 : 업로드 할 파일의 컬럼을 선택한 사용자 필드에 데이터를 업데이트하는 방식을 선택합니다.
현재 데이터를 유지 : 파일의 컬럼 데이터를 신규 데이터로 추가하지 않고 현재 사용자 필드에 저장되어 있는 데이터를 유지합니다.
비어있는 값만 채우기 : 선택한 사용자 필드의 데이터 중 값이 비어있는 분자에 대해서만 새로운 데이터를 업로드 할 파일의 컬럼 데이터로 업데이트합니다.
모두 덮어씌우기 : 선택한 사용자 필드의 모든 데이터를 업로드 할 파일의 컬럼 데이터로 덮어씌우기로 업데이트합니다.
데이터 타입 : 컬럼의 데이터를 새로운 필드로 추가할 경우, 추가할 데이터의 타입을 지정이 필수로 필요합니다. 사용자는 컬럼의 데이터를 텍스트 / 숫자 / 태그 형태의 데이터 타입으로 추가할 수 있습니다.
기존 사용자 필드에 데이터를 업데이트할 경우, 기존 사용자 필드에 지정되어 있는 데이터 타입이 고정적으로 선택됩니다. 해당 선택은 수정할 수 없습니다.
[일치하지 않는 데이터는 새로운 분자로 추가하기]
기존 분자에 데이터를 업데이트 후 업로드 할 파일 내 일치하는 데이터가 없는 분자들은 신규 분자로 추가할 수 있습니다. 체크 상태를 해제할 경우, 일치하지 않는 분자들은 신규 분자로 추가되지 않습니다.
[업데이트]
업로드 할 파일의 컬럼을 사용자 필드와 모두 지정하고, 데이터 타입까지 선택을 완료하면, [업데이트] 버튼 클릭을 통해 분자 데이터를 업데이트할 수 있습니다.
Bench의 행의 높이와 열의 너비를 조절하는 기능이 신규 추가 및 개선되었습니다.
기존의 열의 너비를 좁혔을 때 데이터가 말줄임표로 표시되던 방식을 개선하였습니다. 텍스트 타입의 데이터는 왼쪽 정렬되며, 열의 너비를 줄이 경우 현재 행의 높이에 맞춰서 줄 바꿈 되어 표시됩니다.
기존에 고정되어 있던 Bench 테이블 내 행 높이를 원하는 높이에 맞춰서 조절할 수 있도록 기능이 추가되었습니다. 특정 행의 높이를 드래그하여 조절할 경우, 조절한 행의 높이로 테이블 내 모든 행의 높이로 공통 적용됩니다.
기존의 조건문 형태로 제공되던 숫자 타입 데이터의 필터 기능이 범위 조절이 가능한 슬라이더 형태로 변경되었습니다. 슬라이더 최솟값과 최댓값은 Bench 내 해당 필드가 가진 데이터의 최솟값과 최댓값으로 지정됩니다.
하이퍼 디자인으로 생성된 분자에 [AI] 태그가 추가되었던 ‘하이퍼 디자인 생성 여부(AI)’ 필드의 데이터가 변경되었습니다. 기존에 표시되던 [AI] 태그 대신 아래의 태그가 표시됩니다.
Replace : 하이퍼 디자인 Replace 계산을 통해 생성된 분자
Add : 하이퍼 디자인 Add 계산을 통해 생성된 분자
분자를 선택하고 하단에 표시되는 메뉴를 통해 이동하던 상세보기 이동 방식을 ‘분자 이름’ 데이터에 마우스를 갖다 놓으면 표시되는 [상세보기 이동] 아이콘을 통해서 쉽게 이동할 수 있게 개선하였습니다.
3D Viewer 내에서 마우스 우클릭 기능을 돋보기 활성화 기능에서 원자와 단백질 간의 거리를 측정하는 기능으로 변경하였습니다.
거리를 측정하는 방식은 다음과 같습니다.
거리 측정의 시작점 부분에 마우스를 우클릭합니다.
해당 상태에서 거리 측정의 도착점 부분에 마우스를 우클릭합니다.
도착점 부분을 한 번 더 마우스 우클릭을 하면 해당 지점 간의 거리가 초록색 점선으로 표시됩니다.
버그 픽스 및 안정성이 개선되었습니다.
