2024-10-18 업데이트 노트
2024년 10월 18일 하이퍼랩 업데이트 노트입니다.
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2024년 10월 18일 하이퍼랩 업데이트 노트입니다.
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기존 하이퍼 디자인 페이지에서 제공되는 기능이 신규 추가 및 개선되었습니다.
하이퍼 디자인에서 디자인 할 fragment를 특정 R-group으로 정의할 수 있습니다. (R group 예시 : Aliphatic chains, Aryl, Heteroaryl 등)
하이퍼 디자인 실행 화면에서 “Replace” 또는 “Add”를 선택 후, 하이퍼 디자인 할 fragment를 선택 시 화면 오른쪽 영역에 활성화되는 ‘R group definition’ 영역을 통해서 R group을 정의할 수 있습니다.
기본 옵션은 “R group을 정의하지 않고 디자인을 실행”으로 설정되어있으며, R group 선택시 기본 설정은 자동으로 해제됩니다.
한정할 R group은 2개 이상도 선택이 가능하며, 기본 옵션 유지 또는 1개 이상의 R group을 선택하면 [실행] 버튼이 활성화되며, 하이퍼 디자인을 실행할 수 있습니다.
R group definition에서 제공하는 선택 가능한 항목은 다음과 같습니다.
| 구분 | 세부 옵션 | 선택 항목 |
|---|---|---|
기본 옵션 | R group을 정의하지 않고 디자인 실행 | |
Acyclic | Aliphatic chain | |
Hetero-aliphatic chain | ||
Halogen derivatives | ||
Cyclic | Non-aromatic | Aliphatic cycle |
Hetero-aliphatic cycle | ||
Aromatic | Aryl | |
Heteroaryl | ||
Others | Polycyclic |
하이퍼 디자인 결과화면에서 기분 분자의 정보에 신규 정보들이 추가되었으며, 디자인한 분자들을 편리하게 분석 및 선별할 수 있도록 하는 필터, 정렬 기능이 추가되었습니다.
[하이퍼 디자인 기준 분자 정보 신규 추가]
하이퍼 디자인 기준 분자 정보에서 다음과 같은 정보를 새롭게 확인할 수 있습니다.
| 항목 | 설명 |
|---|---|
디자인 타입 | 하이퍼 디자인 실행 타입으로 Replace, Add 선택 여부가 표시됩니다. |
R group definition | 하이퍼 디자인 실행 시 선택한 R group definition 선택 항목이 모두 표시됩니다. |
디자인 구조 | 하이퍼 디자인 실행 시 활성화되어 있던 단백질 구조의 이름이 표시됩니다. |
[하이퍼 디자인으로 생성된 분자에 대한 필터/정렬 기능 추가]
하이퍼 디자인으로 생성된 분자 50개 중에서 원하는 조건을 충족하는 분자를 더 쉽게 선별하기 위한 필터, 정렬 기능이 새롭게 추가되었습니다.
하이퍼 디자인 테이블 뷰에서 정보를 더 쉽게 확인하고, 분자를 관리할 수 있도록 개선하였습니다.
[최상위 분자 테이블 상단 고정]
하이퍼 디자인 계층도 상의 가장 좌측 상단에 위치한 최상위 분자가 테이블 뷰에서는 가장 상단에 고정되어 표시됩니다. 고정된 최상위 분자는 스크롤, 필터, 정렬에 영향을 받지 않고 항상 표시됩니다.
[테이블 내 분자 보기 개수 변경]
기존 10/20/50/100개로 제공되던 테이블 뷰의 한 페이지 내 분자 보기 개수를 100/200/500/1,000개씩 확인할 수 있도록 변경하였습니다.
하이퍼 ADME/T의 Metabolic stability가 Metabolic stability (H/M)으로 변경되어 제공됩니다.
| 항목 | 설명 |
|---|---|
Metabolic stability (H/M) | Human/Mouse liver microsome assay에서 초기 농도 2 μM의 화합물이 30분 내에 50 % 이상 분해 될 것으로 예측될 시 “Unstable”로 표시됩니다. |
My bench와 Project bench에서 기본으로 제공되는 필드가 신규 추가되었습니다.
| 구분 | 필드 이름 | 설명 |
|---|---|---|
ADME/T 결과 | Metabolic stability (H) | Human liver microsome assay에서 초기 농도 2 μM의 화합물이 30분 내에 50 % 이상 분해 될 것으로 예측될 시 “Unstable”로 표시됩니다. “Unstable” means that, when tested in a human liver microsome assay, the compound is likely to degrade by more than 50% within 30 miniutes at a concentration of 2μM. |
Metabolic stability (M) | Mouse liver microsome assay에서 초기 농도 2 μM의 화합물이 30분 내에 50 % 이상 분해 될 것으로 예측될 시 “Unstable”로 표시됩니다. “Unstable” means that, when tested in a mouse liver microsome assay, the compound is likely to degrade by more than 50% within 30 miniutes at a concentration of 2μM. | |
하이퍼 디자인 결과 | 디자인 구조 | 해당 분자의 하이퍼 디자인 과정에서 사용된 활성화된 단백질 구조입니다. 이 구조는 태그 형식으로 제공됩니다. |
R group definition | 하이퍼 디자인 실행 시, R groups definition에서 선택한 R 그룹이 태그로 표시됩니다. | |
하이퍼 스크리닝 | 스크리닝 라이브러리 | 하이퍼 스크리닝 시에 사용된 라이브러리 태그 입니다. |
Vendor ID | 하이퍼 스크리닝으로 추가된 화합물의 vendor사 카탈로그 ID입니다. | |
Vendor name | 하이퍼 스크리닝 결과로 도출된 화합물을 구매할 수 있는 vendor사가 태그로 제공됩니다. | |
Molport link | Molport에서 하이퍼 스크리닝으로 도출한 화합물을 구매할 수 있습니다. 링크를 통해 바로 접근 가능합니다. | |
Enamine link | Enamine에서 하이퍼 스크리닝으로 도출한 화합물을 구매할 수 있습니다. 링크를 통해 바로 접근 가능합니다. |
3D Viewer의 Binding Pocket Display 항목에서 선택 가능한 항목이 신규 추가 및 일부 기능이 변경되었습니다.
[신규 추가 항목]
| 항목 | 설명 |
|---|---|
Polar hydrogens | Binding pocket의 polar hydrogen들만을 보여주는 기능이 추가되었습니다. 해당 기능 선택시, 모든 hydrogen을 보여주는 “Hydrogens”옵션은 자동으로 선택해제됩니다. |
[변경된 기존 항목]
| 항목 | 설명 |
|---|---|
| 기존에 제공되던 “Sidechains” 항목의 이름이 변경되었습니다. |
Residues with ligand interactions | 해당 기능 선택시, “Residues”옵션은 자동으로 선택해제됩니다. (중복선택 불가) |
Hydrogens | Protein 영역에서 제공되던 Hydrogens 항목을 Binding Pocket Display 영역으로 변경하였습니다. 해당 기능 선택시, “Polar hydrogens”옵션은 자동으로 선택해제됩니다. (중복선택 불가) |
버그 픽스 및 안정성이 개선되었습니다.
