2024-01-13 업데이트 노트
2024년 1월 13일 하이퍼랩의 업데이트 노트입니다.
하이퍼랩 변경 사항
1. 분자 물성 추가
분자 내 제공되는 Physicochemical properties와 ADME/T 결과에 신규 항목이 추가되었습니다.
신규 추가되는 항목들은 업데이트 이후에 추가되거나 계산이 진행된 분자에 대해서 확인할 수 있습니다.
(1) Physicochemical properties
신규 물성 | 설명 |
Lipinski rule | Lipinski rule 통과 여부입니다. (기준: MW ≤ 500, logP ≤ 5, Hacc ≤ 10, Hdonor ≤5) |
Veber’s(GSK) rule | 이 규칙을 만족하는 분자는 상대적으로 좋은 ADMET 프로필을 가질 가능성이 높습니다. (기준: MW ≤ 400, logP ≤ 4) |
(2) ADME/T
신규 물성 | 설명 |
CYP substrate CYP1A2 | 화합물이 CYP1A2의 기질로 예측될 시 "Yes"로 표시됩니다. |
CYP substrate CYP2C19 | 화합물이 CYP2C19의 기질로 예측될 시 "Yes"로 표시됩니다. |
CYP substrate CYP2C9 | 화합물이 CYP2C9의 기질로 예측될 시 "Yes"로 표시됩니다. |
CYP substrate CYP2D6 | 화합물이 CYP2D6의 기질로 예측될 시 "Yes"로 표시됩니다. |
CYP substrate CYP3A4 | 화합물이 CYP3A4의 기질로 예측될 시 "Yes"로 표시됩니다. |
druglikeness | 알려진 약물들의 분포를 기반으로 druglikeness를 예측합니다 [Chem. Sci. 13: 554 (2022)]. 100에 가까울수록 druglikeness가 높으며, 대표적인 화합물 데이터베이스에 대한 평균값은 다음과 같습니다.
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Synthesis complexity | 구매 가능한 building block들과 잘 정립된 화학 반응들로 화합물을 합성하기까지 필요한 단계의 수를 예측합니다 [J. Chem. Inf. Model. (2023)]. |
2. 3D Viewer 개선
3D Viewer의 기능이 일부 업데이트되었습니다.
(1) 3D Viewer 기본 보기 방식 개선
Protein의 secondary structure의 기본 보기 방법이 전체 protein 구조가 ribbon으로 표현되는 방법으로 바뀌었습니다.
Protein binding site residue의 색상이 Protein의 secondary structure의 색상과 일치되도록 변경되었습니다.
Ligand의 기본 보기 방식이 기존 “Ball and Chain”에서 stick으로 변경되었습니다.
Residue label의 글자 크기가 크게 확대되었습니다.
(2) 3D Viewer 내 분자 전환 기능 개선
Ligand Display의 기존 돋보기 아이콘을 개별로 클릭해서 분자를 전환하던 방식에서 [다음, 이전] 버튼을 추가하였습니다.
상단의 [<, >] 버튼을 통해 돋보기 아이콘을 전환할 수 있으며, 방향키(상하좌우)를 통해서도 분자를 전환할 수 있습니다.
3. Protein Structure 설정 관련 문의 기능 추가
Protein Structure 화면에서 Binding Site 설정 또는 단백질 구조 설정에 어려움이 있을 경우, 빠르게 문의할 수 있는 기능을 추가하였습니다.
Protein Structure 추가 중 문의사항이 있을 경우, 아래 이미지 상에 표시된 링크를 클릭하여 빠르게 문의하여 답변을 받을 수 있습니다.
Bug fix
버그 픽스 및 안정성이 개선되었습니다.
Last updated
