2024-03-08 업데이트 노트
2024년 3월 8일 하이퍼랩의 업데이트 노트입니다.
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2024년 3월 8일 하이퍼랩의 업데이트 노트입니다.
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My bench의 Molecule list에서 사용자가 직접 필드를 생성하여 데이터를 편집하고 관리할 수 있는 ‘사용자 필드’ 유형을 신규 추가하였습니다.
사용자 필드도 기존에 제공되던 필드들과 동일하게 정렬, 필터, 보기 방식에 대한 설정이 가능합니다.
사용자 필드는 Molecule list 상단의 ‘필드’ 버튼을 클릭하여 열리는 오른쪽 화면에서 관리할 수 있습니다.
오른쪽 화면의 하단에 보이는 ‘새로운 필드 만들기’ 버튼을 클릭하여 새로운 사용자 필드를 만들 수 있습니다.
새로운 필드의 이름을 입력하고, 필드의 유형을 선택하면 새로운 필드가 Molecule list에 추가됩니다.
각 필드의 이름은 중복하여 사용할 수 없습니다.
필드의 타입은 텍스트, 숫자, 태그만 선택 가능합니다. (추후 제공 유형 확대 예정)
사용자는 자신이 만든 필드를 편집하여 관리할 수 있습니다. 필드 편집 화면 진입 방법은 아래와 같습니다.
방법 1) Molecule list에 추가되어 있는 사용자 필드의 [더 보기(…)] 버튼을 클릭하여 [필드 편집]을 클릭할 경우, 필드 편집 화면이 오른쪽에서 열립니다.
방법 2) Molecule list 상단의 [필드] 버튼을 클릭하여 열린 오른쪽 화면에서 사용자 필드를 클릭할 경우, 필드 편집 화면으로 전환됩니다.
필드 편집에서는 필드의 이름을 변경하거나, 필드의 유형을 변경하고, 필드를 삭제할 수 있습니다.
[필드 유형 변경]
필드의 유형은 기존의 유형에서 전환이 가능한 유형으로만 변경이 가능합니다.
텍스트 타입의 필드 → 숫자 유형으로만 변경 가능
기존 필드에 숫자데이터와 문자형태의 데이터가 섞여있을 경우, 변환이 불가능합니다.
숫자 타입의 필드 → 텍스트 유형으로만 변경 가능
태그 타입의 필드 → 텍스트 유형으로만 변경 가능
[필드 삭제]
필드 편집 화면 하단에 위치한 [필드 삭제] 버튼을 통해 필드를 삭제할 수 있습니다.
필드를 삭제할 경우, 해당 필드에 저장되어 있던 모든 데이터는 함께 삭제됩니다.
3D Viewer에서 더 다양한 기능을 설정해서 활용할 수 있도록 개선하였습니다.
3D Viewer에서 2D Diagram을 통해 2D 구조에서도 Interaction을 확인할 수 있도록 개선하였습니다.
각 Interaction은 왼쪽과 오른쪽의 존재하는 설정 패널들의 설정값에 따라서 다르게 보입니다.
2D Diagram 우측 상단의 Pin 모양 아이콘을 클릭하여 각각의 Interaction Type에 대한 Index를 표시 여부를 제어할 수 있습니다.
3D Viewer의 설정을 세분화하여 더욱 다양한 분석이 가능하도록 개선하였습니다.
[Binding Pocket Display]
항목
설명
Sidechains
Sidechain을 볼 수 있습니다.
Surface near Clipping
구조상 가장 화면에 가까이 있는 원자부터 숨김 처리합니다.
Surface radius Clipping
구조상 분자 구조 중심에서 가장 먼 원자부터 3D창에서 숨깁니다.
Surface Opacity
단백질의 표면 투명도를 조절합니다.
Pocket radius
단백질의 잔기 표시 반경을 조절합니다.
Residues with ligand interactions
분자와 상호작용하는 잔기만 볼 수 있습니다.
[Interaction Entities]
3D View와 2D Diagram에서 다음의 Interaction 대단위를 설정할 수 있습니다.
Receptor-Ligand
Ligand-Ligand
Receptor-Receptor
Ligand-Water
Receptor-Water
[Interaction Types]
3D View와 2D Diagram에서 확인할 수 있는 Interaction의 종류는 다음과 같습니다.
항목
설명
Covalent
Receptor와 Ligand 간 공유 결합이 형성된 경우입니다.
Clash
두 원자 간 거리가 그들의 공유 반지름 (covalent radius)의 합 보다 작은 경우입니다.
Vdw
두 원자 간 거리가 그들의 반데르발스 반지름 (van der Waals radius)의 합 + 0.1Å 보다 작은 경우입니다.
Hydrogen bond (hbond)
Hbond donor (D)에 붙은 수소 (H) 와 acceptor (A) 간의 거리가 A의 반데르발스 반지름+ 1.3Å 보다 작고, D-H-A 간의 각도가 90도 보다 큰 경우 입니다.
Weak hydrogen bond
weak Hbond donor (wD)에 붙은 수소 (H) 와 Hbond acceptor (A) 간의 거리가 A의 반데르발스 반지름+ 1.3Å 보다 작고, wD-H-A 간의 각도가 130도 보다 큰 경우입니다.
Ionic
positive & negative ionisable한 두 원자 쌍 간의 거리가 4.0Å 보다 작은 경우입니다.
Metal
Hbond acceptor 와 metal 원자 간의 거리가 2.8Å 보다 작은 경우입니다.
Hydrophobic
hydrophobic한 두 원자 간의 거리가4.5Å 보다 작은 경우 입니다.
Cation-Pi
positive ionisable한 원자 (A)와 aromatic ring (AR)의 중심 사이의 거리가 4.5Å 보다 작고, A와 AR을 중심을 잇는 직선과 AR의 수선 간의 각도가 30도 보다 작은 경우입니다.
Pi-Pi
두 aromatic ring (AR)의 중심 사이의 거리가 6.0Å 보다 작고, 두 AR 사이의 이면각과 두 AR의 중심을 잇는 직선과 한 AR의 수선 간의 각도가 각각 90도 보다 작은 경우입니다.
[Binding Pocket Residues]
분류
설정 항목
설명
Structure
Type
Stick 형태와 Ball and Stick 형태로 볼 수 있습니다.
Stick radius
Stick의 굵기를 조절할 수 있습니다.
Color Type
Binidng Pocket Residue에 대한 Color를 선택할 수 있습니다.
단백질의 색상을 종속 받거나, Custom을 통해 직접 색상을 지정할 수 있습니다.
Label
Type
Label에 표시되는 방식을 1 letter와 3 letter의 형태로 볼 수 있습니다.
Size
Label의 크기를 조절할 수 있습니다.
Color
Label에 표시되는 글자의 색을 선택할 수 있습니다.
Background
Label의 배경 표시 여부를 선택할 수 있습니다.
Background color
Label의 배경 선택 시 보이는 배경 색을 선택할 수 있습니다.
[Protein]
설정 항목
설명
Type
단백질의 보기 유형을 선택할 수 있습니다.
Surface로 선택할 경우, 단백질 표면의 Type과 Color type, 투명도를 설정할 수 있습니다.
Color by
단백질의 색상을 부여하는 기준을 지정할 수 있습니다.
Custom을 선택할 경우, 직접 색상을 부여할 수 있습니다.
Hydrogens
Viewer에 수소를 표시합니다.
Water
Viewer에 물을 표시합니다.
[Ligand]
분류
설정 항목
설명
Structure
Type
Ligand의 보기 유형을 선택할 수 있습니다.
Stick radius
Stick의 굵기를 조절할 수 있습니다.
Surface
Type
Ligand 표면의 보기 유형을 선택할 수 있습니다.
Color by
Ligand의 색상을 부여하는 기준을 지정할 수 있습니다.
Opacity
Ligand 표면의 투명도를 조절할 수 있습니다.
Viewer의 오른쪽에 위치한 Ligand Display 패널에서 각각의 Conformer들에 대해 색상을 설정할 수 있도록 기능을 추가하였습니다.
Viewer의 좌측 상단의 [Screen shot] 버튼을 클릭하면, Viewer의 현재 시점을 PNG 파일로 제공합니다.
파일은 3D Viewer와 2D Diagram을 각각의 파일로 제공합니다.
버그 픽스 및 안정성이 개선되었습니다.
