하이퍼 디자인 결과 확인

AI를 이용한 디자인으로 유도체를 생성한 경우 결과 확인 방법 및 유도체 선택을 위한 튜토리얼입니다.

전 단계에서 수행한 하이퍼 디자인 계산된 결과를 확인하기 위해 위 그림과 같이 유도체 생성 버튼을 클릭합니다.

분자 디자인 창에서 1번 [ 하이퍼 디자인 로그 ] 버튼을 클릭하면 기존 하이퍼 디자인 계산 기록이 나타나게 됩니다. 2번과 같이 확인하고 싶은 하이퍼 디자인 기록을 클릭하면 하이퍼 디자인 결과가 나타나게 됩니다.

하이퍼 디자인은 최대 30개의 유도체 구조를 제공하며, 1번과 같이 추가되거나 치환된 그룹은 하이라이트 됩니다.

유도체 구조는 AI가 예측한 결합 에너지를 기준으로 정렬되며, 2번 [ Binding score ]를 통해 결합 에너지 예측값을 확인하실 수 있습니다. 왼쪽 빨간색/파란색 수치는 디자인으로 인한 결합 에너지의 개선/저하를 의미하며 마이너스 값이 클수록 결합 안정성의 향상을 의미합니다.

3번 체크박스를 체크하여 유도체를 선택한 후 4번 [ 추가 ]를 클릭하면 디자인 결과를 하이퍼 바인딩 페이지에 등록하고 추가적인 분석과 AI 실험을 수행할 수 있습니다.

등록 후 하이퍼 바인딩 페이지에 선택한 유도체들이 추가된 것을 보실 수 있습니다. 하이퍼 바인딩 페이지는 각 분자와 이들의 유도체들을 연결한 계층도를 제공하여 최적화 과정을 효율적으로 관리 할 수 있도록 돕고 있습니다.

하이퍼 디자인에 의해 생성된 유도체는 1번과 같이 [ AI ] 태그를 통해 확인 할 수 있습니다.

현재 하이퍼 바인딩으로 생성한 유도체 분자들은 다른 태그를 추가할 수 없습니다.

또한 유도체의 이름은 디자인에 사용된 분자의 이름 + (숫자) 형식으로 표시됩니다.

생성된 유도체의 이름 변경이나 상세 정보를 확인은 [ 상세보기 ] 창에서 가능합니다. [ 상세보기 ] 창은 3번 버튼 클릭 후 4번 [ 상세보기 ] 버튼을 클릭하여 열수 있습니다.

등록된 분자들 외 하이퍼 디자인으로 생성된 다른 분자들을 다시 보거나 추가적으로 등록하고 싶은 경우, 3번 버튼을 누른 후, 5번 [ AI 생성분자 보기 ] 버튼을 눌러 다시 생성분자 리스트 창을 열 수 있습니다.

분자 삭제 시 하위 분자가 있으면 모두 삭제가 됩니다.

위 그림과 같이 1번 분자들을 체크하여 선택한 후, 2번 [ 3D View ] 버튼을 클릭하여 유도체의 3차원 결합 구조를 분석할수 있습니다. 3D Viewer 사용법은 3D Viewer에서 자세하게 확인하실 수 있습니다.

위 그림과 같이 초기 분자(회색)에 없었던 그룹이 추가(1번)된 것을 확인할 수 있습니다.

추가된 그룹의 amide는 E286 & D381 잔기와 수소 결합을 이루며 AI 예측값이 개선되는 것을 볼 수 있습니다. 단백질의 표면 그림을 통해 2번 3번 공간이 비어있음을 확인할 수 있으며 해당 방향으로 새로운 그룹의 추가를 시도해 볼 수 있습니다.

3D viewer에서 기준 물질인 초기 분자와 유도체 분자의 색은 달라질 수 있습니다. 분자의 색 설정 기능은 향후 추가될 예정입니다.

여기까지 하이퍼 디자인 결과 확인 튜토리얼이었으며, 이상 하이퍼 디자인 튜토리얼을 마치도록 하겠습니다.