3D Viewer

3D Viewer를 통해 하이퍼 바인딩/디자인/스크리닝 계산 후 단백질-리간드의 3차원 결합 구조를 분석할 수 있습니다.

3D Viewer는 단백질-약물의 3차원 결합 구조 분석을 위한 다양한 기능을 제공합니다. 3D Viewer는다음 세 곳에서 열람할 수 있습니다.

1. [ My Bench ] 탭 내 [ 분자 목록 ] 탭 페이지

2. 분자 [ 상세보기 ] 페이지

3. [ 하이퍼 디자인 ] 페이지

방법 1. [ 분자 목록 ] 탭 페이지에서 열람하기

위 그림과 같이 [ My Bench ] 탭의 [ 분자 목록 ] 탭에서 1번한 개이상의 분자를 선택하면 2번의 [ 3D View ] 아이콘이 활성화 됩니다. 해당 아이콘을 누르면 3D Viewer 창이 열리게 됩니다.

방법 2. 분자 [ 상세보기 ] 페이지에서 열람하기

두번째 방법은 [ 분자목록 ] 창에서 [ 분자 상세보기 ] 창으로 들어가서 3D Viewer로 진입하는 방법입니다.

목록에서 분자 목록 오른쪽 [ ... ] 아이콘을 클릭한 후, [ 상세보기 ]를 클릭하면 상세보기 창으로 넘어가게 됩니다.

여기서 [ 3D structure ] 옆 [ View ] 아이콘을 클릭하면 3D Viewer 창이 열리게 됩니다.

방법 3. 하이퍼 디자인 페이지에서 열람하기

마지막 방법으로 하이퍼 디자인을 진행하는 경우, 위 그림과 같이 하이퍼 디자인 페이지로 넘어간 후 분자를 개별적으로 선택하거나(1번) 전체 선택(2번)을 체크하고 3번 [ 3D View ] 아이콘을 클릭하여 3D Viewer 페이지를 열 수 있습니다.

다음으로 3D Viewer 페이지에 있는 기능들을 살펴보도록 하겠습니다.

1. 등록된 단백질 구조 이름

2. Receptor 정보 관련 탭

3. 결합 부위 표시 관련 탭

4. 원자 간 상호작용 관련 탭

5. 표시 가능 분자 목록 탭

6. 선택된 분자의 2D 그림

7. 페이지 배경색 설정 (Dark/Bright, 기본 배경색 Dark)

8. 3D Viewer 페이지 확장/축소 토글

9. 3D Viewer 닫기 토글

10. 왼쪽 탭 접기

11. 오른쪽 탭 접기

12. 3D Viewer 전체화면/창화면 토글

2번 Receptor 정보 관련 탭의 경우, 단백질을 등록할 때 Receptor로 지정한 부분들에 대한 표시 여부 탭으로, 단백질의 2차구조/골격부분/잔기정보/원자정보를 표기합니다. 2차 구조는 "Cartoon" 형식, 골격은 "Ribbon" 형식, 잔기 정보는 텍스트, 원자 정보는 아래 그림과 같이 박스 형식으로 3D 화면 오른쪽 아래에 표기됩니다.

3번 Binding site 표시 관련 탭은 3D 창 내 binding site 주위 단백질 잔기 표현을 조절할 수 있습니다.

• [ Surface Near Clipping ]: 3D 상 가장 화면에 가까이 있는 원자부터 3D창에서 숨김

• [ Surface Radius Clipping ]: 3D 상 분자 구조 중심에서 가장 먼 원자부터 3D창에서 숨김

• [ Surface Opacity ]: 단백질의 표면 투명도

• [ Pocket Radius ]: 단백질 잔기 표시 반경

• [ Residues with ligand interaction ]: 분자와 상호작용하는 잔기만 보기

4번 원자 간 상호작용 관련 탭은 단백질-분자 간 여러 상호작용 종류의 표시 여부를 고를 수 있는 탭입니다.

• [ Intra-receptor interactions ]: 단백질 내부 상호작용 표시 여부

• [ Hydrophobic ](검은색): 소수성 상호작용

• [ Hydrogen Bond ](파란색): 수소 결합 (강한 기준)

• [ Weak Hydrogen Bond ](하늘색): 약한 수소 결합 (약한 기준)

• [ Backbone Hydrogen Bond ](남색): 단백질 골격 구조 간 수소 결합 (2차 구조 관련 수소 결합)

• [ Water Hydrogen Bond ](파란색): 물로 인해 발생하는 수소 결합

• [ Halogen Bond ](밝은 초록색): 할로겐 결합

• [ Metal Coordination ](보라색): 금속 배위 결합

• [ Ionic interaction ](노란색): 이온 결합

• [ Cation Pi ](주황색): 양이온-π 상호작용

• [ Pi Stacking ](녹색): π-적층 결합 (샌드위치, T-shape 포함)

5번 표시 가능 분자 목록 탭에는 각 분자마다 토글 가능한 두 개의 아이콘이 있습니다.

돋보기 모양의 아이콘은 한번 클릭하면 아이콘이 파란색으로 바뀌며(활성화) 해당 분자를 중심으로 receptor와의 상호작용이 나타나게 됩니다. 한번 더 클릭하게 되면 다시 아이콘이 회색으로 바뀌며(비활성화) 전체 시스템 형상으로 줌아웃하게 됩니다.

눈동자 모양은 표시 여부에 대한 아이콘으로, 한번 클릭해 활성화하게 되면 3D 창에서 해당 분자가 표시 됩니다. 한번 더 클릭하게 되면 눈동자 옆에 자물쇠 모양이 추가되는데, 이는 기존 표시 상태와는 달리 다른 분자를 선택해도 분자 형상이 3D 창에 표시가 남아있게 됩니다.

이상 3D Viewer 툴에 대한 설명이었습니다.