필드
Bench에서는 리간드의 분자 특성에 대한 다양한 필드들이 제공되며, 보고 싶은 필드를 자유롭게 조정할 수 있습니다.
1. 기본 표시 필드
HyperLab에서는 기본적으로 유도체 수, 디자인 타입, 분자 이름, 분자 구조, 하이퍼 바인딩, 하이퍼 ADME/T, 하이퍼 디자인, Molecular weight, LogP, TPSA 필드가 표시됩니다.
2. 필드 편집 및 활성화
2.1. 전체 필드
우측 상단의
필드버튼을 클릭하면 필드 탭이 열립니다.전체 필드에서는 하이퍼랩에서 제공하는 모든 필드와 직접 생성한 사용자 필드를 확인할 수 있습니다.
2.2. 활성화된 필드
활성화된 필드 탭에서는 현재 Bench 테이블에 보여지고 있는 필드들의 노출 상태를 편집할 수 있습니다.
각 필드의
눈 모양버튼을 클릭하여, 필드가 Bench에서 보여지는 것을 On/Off할 수 있습니다.각 필드 항목을 드래그하여 필드가 Bench에서 보여지는 순서를 변경할 수 있습니다.
*공유 Bench의 경우, 프로젝트 멤버는 필드의 노출 상태 및 순서를 변경할 수 없습니다
2.3. 사용자 필드
사용자는 하이퍼랩에서 제공되는 기본 필드 이외에도 직접 필드를 생성하여 데이터를 직접 입력할 수 있습니다.
필드 관리 화면에서
새 필드 만들기버튼을 클릭하여, 새 필드 만들기 화면을 실행합니다.새 필드 만들기 화면에서
필드의 이름을 입력하고,필드 유형을 선택하여 Bench에 추가할 수 있습니다.필드로 만들 수 있는 데이터 유형은 텍스트, 숫자, 태그 형태의 데이터만 가능합니다.
3. 제공 필드 정보
하이퍼랩에서 Bench에 표시 가능하도록 제공되는 필드는 다음과 같습니다.
3.1. 분자 정보
등록일: 해당 분자를 등록한 일자입니다.분자 구조: 분자들의 2D 구조 입니다.분자 이름: 분자들의 이름입니다.생성자: 각 분자를 최초로 등록한 사용자 입니다.유도체 수: 해당 분자 하위의 유도체 숫자 입니다.
3.2. Hyper Screening X
Hyper Screening X route: Hyper screening X로 생성된 분자의 합성경로 및 BB 정보를 확인할 수 있습니다.Hyper Screening X 모델: Hyper Screening X로 분자 생성 시 선택한 모델의 태그입니다.
3.3. 하이퍼랩 기능
하이퍼 ADME/T: 이 필드에서 하이퍼 ADME/T를 수행할 수 있습니다. 계산 결과는 각 분자의 상세보기 페이지 또는 해당 필드를 현재 테이블에 추가하여 볼 수 있습니다.하이퍼 디자인: 해당 분자에 대해서 하이퍼 디자인을 수행했는지 여부를 나타냅니다.하이퍼 바인딩: 현재 활성화된 단백질에 대해서 하이퍼 바인딩을 수행할 수 있습니다. (활성화된 단백질은 Protein Structure 에서 수정 가능) 계산 완료 후에는 결과 값이 표시됩니다. 이 값이 작을 수록 해당 단백질과 강하게 결합하는 것을 뜻하며, 이는 높은 활성을 의미합니다.
3.4. 하이퍼 디자인 결과
R group definition: 하이퍼 디자인 실행 시, R group definition에서 선택한 R 그룹이 태그로 표시됩니다.디자인 구조: 해당 분자의 하이퍼 디자인 과정에서 사용된 활성화된 단백질 구조입니다. 이 구조는 태그 형식으로 제공됩니다.디자인 타입: 하이퍼 디자인으로 생성한 분자를 표시합니다.
3.5. 하이퍼 스크리닝
Enamine link: Enamine에서 하이퍼 스크리닝으로 도출한 화합물을 구매할 수 있습니다. 링크를 통해 바로 접근 가능합니다.Molport link: Molport에서 하이퍼 스크리닝으로 도출한 화합물을 구매할 수 있습니다. 링크를 통해 바로 접근 가능합니다.Vendor ID: 하이퍼 스크리닝으로 추가된 화합물의 vendor사 카탈로그 ID입니다.Vendor name: 하이퍼 스크리닝 결과로 도출된 화합물을 구매할 수 있는 vendor사가 태그로 제공됩니다.스크리닝 라이브러리: 하이퍼 스크리닝 시에 사용된 라이브러리 태그 입니다.
3.6. Physicochemical properties
Chemical formula: 원소의 조성을 나타냅니다.Fsp3: 전체 탄소 중 SP3 탄소의 비율입니다. 일반적으로 0.42이상이면 적절합니다.Heavy atoms: 각 분자들의 수소를 제외한 원자의 수 입니다.Hydrogen bond donors: 분자 내 Hydrogen bond donors의 수 입니다.Hydrogen bond acceptors: Hydrogen bond acceptors의 수 입니다.LogD₇․₄: 생체 pH 7.4에서 이온형과 비이온형 전체를 포함한 Octanol-water 분배 계수의 로그값 예측 결과입니다 (무차원, pH 의존).LogP: Octanol-water 분배 계수의 로그값에 대한 예측 결과입니다 (무차원).Molar refractivity: 분자 1몰의 총 분극도입니다.Molecular weight: 각 분자의 분자량 입니다.Rotatable bonds: 회전 가능한 결합(bond)의 수 입니다.Solubility: 중성 pH에서의 log S (log [mol/L])를 예측한 후 다음 기준에 따라 표시합니다. Insoluble : log S < -6, Moderate : -6 ≤ log S ≤ -4, Soluble : -4 < log SInsoluble: logS<−6logS < -6logS<−6
Moderate: −6≤logS≤−4-6 \le logS \le -4−6≤logS≤−4
Soluble: −4≤logS-4 \le log S−4≤logS
TPSA: 분자의 극성에 대한 표면 합으로 정의됩니다. 이 값이 140 (Å2) 이상일 경우 세포막을 투과하지 못할 확률이 높습니다.
3.7. Medicinal chemistry
CNS MPO: CNS 약물 설계를 위한 멀티 파라미터 점수(0–6)로, 점수가 높을수록 CNS 적합성이 높음을 의미합니다. 하이퍼랩에서는 2017년에 보고된 CNS MPO 스코어링 시스템을 기준으로 LogP, TPSA, Molecular weight, Most basic pKa, 그리고 수소 결합 공여자 수(2배 가중) 등 다섯 가지 물성을 기반으로 점수를 산출합니다.Druglikeness: 알려진 약물들의 분포를 기반으로 druglikeness를 예측합니다 [Chem. Sci. 13: 554 (2022)]. 100에 가까울수록 druglikeness가 높으며, 대표적인 화합물 데이터베이스에 대한 평균값은 다음과 같습니다:FDA 승인 약물들: 74.5
ChEMBL 분자들: 60.5
GDB-17 분자들: 40.5
Lipinski rule: Lipinski rule 통과여부 입니다 (기준: MW ≤ 500, logP ≤ 5, Hacc ≤ 10, Hdonor ≤5)Synthesis complexity: 구매 가능한 building block들과 잘 정립된 화학 반응들로 화합물을 합성하기까지 필요한 단계의 수를 예측합니다 [J. Chem. Inf. Model. (2023)].Veber's (GSK rule): 이 규칙을 만족하는 분자는 상대적으로 좋은 ADMET 프로필을 가질 가능성이 높습니다. (기준: Total polar surface area (TPSA) ≤ 140 Ų, rotatable bonds ≤ 10)
3.8. Hyper ADME/T results
BBB penetration: 화합물의 log([뇌내 농도] / [혈중 농도])가 -1보다 클 것으로 예측될 시 "High"로 표시됩니다.hERG inhibitor: 화합물의 IC50가 10 μM 이하로 예측될 시 “Yes”로 표시됩니다.Metabolic stability (H): Human liver microsome assay에서 초기 농도 2 μM의 화합물이 30분 내에 50 % 이상 분해 될 것으로 예측될 시 “Unstable”로 표시됩니다.Metabolic stability (M): Mouse liver microsome assay에서 초기 농도 2 μM의 화합물이 30분 내에 50 % 이상 분해 될 것으로 예측될 시 “Unstable”로 표시됩니다.P-gp inhibitor: Multidrug resistance reversal (MDRR) 실험 결과로서 RF* > 5로 예측되면 “Yes”, RF < 4로 예측되면 “No”로 표시됩니다. (*Reversal fold = [ED50 w/o adriamycin] / [ED50 w/ adriamycin])PAMPA: 화합물의 투과율이 7\times10^{-6} cm/s 이상으로 예측될 시 “High”로 표시됩니다.
3.9. CYP inhibition
CYP1A2 inhibitor: 화합물의 CYP1A2에 대한 IC50가 10 μM 이하로 예측될 시 “Yes”로 표시됩니다.CYP2C19 inhibitor: 화합물의 CYP2C19에 대한 IC50가 10 μM 이하로 예측될 시 “Yes”로 표시됩니다.CYP2C9 inhibitor: 화합물의 CYP2C9에 대한 IC50가 10 μM 이하로 예측될 시 “Yes”로 표시됩니다.CYP2D6 inhibitor: 화합물의 CYP2D6에 대한 IC50가 10 μM 이하로 예측될 시 “Yes”로 표시됩니다.CYP3A4 inhibitor: 화합물의 CYP3A4에 대한 IC50가 10 μM 이하로 예측될 시 “Yes”로 표시됩니다.
3.10. CYP substrate
CYP1A2 substrate: 화합물이 CYP1A2의 기질로 예측될 시 "Yes"로 표시됩니다.CYP2C19 substrate: 화합물이 CYP2C19의 기질로 예측될 시 "Yes"로 표시됩니다.CYP2C9 substrate: 화합물이 CYP2C9의 기질로 예측될 시 "Yes"로 표시됩니다.CYP2D6 substrate: 화합물이 CYP2D6의 기질로 예측될 시 "Yes"로 표시됩니다.CYP3A4 substrate: 화합물이 CYP3A4의 기질로 예측될 시 "Yes"로 표시됩니다.
3.11. Binding scores
단백질 이름 - Binding Score: 각 단백질 구조에 대한 하이퍼 바인딩 결과 입니다. 계산을 위해서는 단백질 구조를 활성화 후 하이퍼 바인딩 필드에서 계산을 실행해주세요.
3.12. Experimental value
Experiment, IC50: 실험값 IC50Experiment, EC50: 실험값 EC50
3.13. Others
Tag: 각 분자들에 태그를 부여하여, 동일한 태그끼리 그룹지을 수 있습니다.Book mark: 북마크 기능을 통해 중요 분자들을 표시할 수 있습니다. \
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