Covalent Binding 설정

Covalent Binding

Covalent Binding은 개별 분자별로 Warhead와 Product form을 직접 설정하여 단백질과의 Covalent 결합 가능성을 예측하는 기능입니다.

• 특정 분자에 대해

• 특정 Warhead 반응과

• 명확한 결합 형태(Product form)를 가정하고

정밀한 Covalent 결합 예측을 수행할 때 사용합니다.

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1. Covalent 단백질 활성화

• Bench로 이동합니다.

• 실험에 사용할 Covalent 타입 단백질을 활성화합니다.

Covalent Binding은 반드시 Covalent 단백질이 활성화된 상태에서만 실행할 수 있습니다.

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2. 분자 선택 및 Hyper Binding 실행

• Covalent Binding을 수행할 분자의 Hyper Binding 실행 버튼을 클릭합니다.

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3. Warhead 설정

• 설정 창에서 Warhead로 사용할 분자 구조 영역을 선택합니다.

• 선택한 Warhead를 기준으로 Product form이 생성됩니다.

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4. Product form 선택

• 선택한 Warhead를 기반으로 제공되는 Product form 목록을 확인합니다.

• 사용할 Product form을 선택합니다.

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5. Product form 직접 추가 (선택)

원하는 Product form이 제공되지 않는 경우, 직접 Product form을 정의할 수 있습니다.

Product form 직접 추가 방법

• Product form 추가 버튼을 클릭합니다.

• 설정 화면에서 다음 정보를 확인합니다.

  • Target Residue

  • 분자 구조

  
• Residue와 분자구조를 연결하여 Product form을 직접 그립니다.

• Product form 설정이 완료되면 추가 버튼을 클릭합니다.

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6. Product form 최종 선택

• 제공된 Product form 또는 직접 추가한 Product form 중 하나를 선택합니다.

선택한 Product form을 기준으로 Covalent Binding 계산이 수행됩니다.

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7. Binding 계산 결과 확인

• Binding 계산이 완료되면 Binding score를 확인할 수 있습니다.

• 설정한 Warhead와 Product form을 기반으로 Covalent 결합 가능성이 수치로 제공됩니다.

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8. Warhead 정보 확인

• 적용된 Warhead는 Bench 필드에서 확인할 수 있습니다.

• 필드 추가 > Covalent > Warhead 필드를 활성화합니다.

• 각 분자에 적용된 Warhead 정보가 테이블에 표시됩니다.