Covalent Sequence 타입 단백질 등록하기
단백질 등록 (Covalent · Sequence)
Covalent 연구에서는 Sequence 기반 단백질을 등록해 Co-folding을 포함한 보다 유연한 구조 예측과 Covalent 결합 분석을 수행할 수 있습니다.
이 가이드에서는 Covalent (Sequence) 타입 단백질 등록 방법을 단계별로 설명합니다.
1. 단백질 관리 메뉴 진입
상단 메뉴에서 단백질 관리로 이동합니다.
단백질 추가 버튼을 클릭합니다.
단백질 타입 선택 화면에서 Covalent (Sequence)를 선택합니다.
선택 완료 버튼을 클릭합니다.
이제 Covalent Sequence 단백질 등록 화면으로 이동합니다.
2. Sequence 단백질 추가 방법 개요
Sequence 타입 단백질은 다음 2가지 방법으로 추가할 수 있습니다.
방법 1. 단백질 검색하여 체인 추가
방법 2. 체인을 직접 추가
연구 상황과 보유 정보에 따라 적절한 방법을 선택해 주세요.
방법 1. 단백질 검색하여 체인 추가
이미 알려진 단백질 정보를 기반으로 검색을 통해 체인을 추가하는 방법입니다.
Gene name, Protein name 등을 알고 있는 경우에 적합합니다.
Step-by-step
단백질 추가 버튼을 클릭합니다.
등록 유형을 Covalent Sequence로 설정합니다.
단백질 검색하여 추가하기 버튼을 클릭합니다.
추가할 단백질 정보를 입력합니다. 다음 정보를 이용해 검색할 수 있습니다.
Protein name
Gene name
Organism
UniProt ID
PDB ID
검색 결과에서 원하는 단백질을 선택한 후 다음 버튼을 클릭합니다.
선택한 단백질에 대해 다음과 같은 세부 옵션이 제공됩니다.
Mutation
PTM
Coenzyme
기타 구조적 옵션
각 옵션에 대해 예시 3D 구조가 함께 표시되며, Ligand가 active compound일 가능성이 높을수록 상위에 정렬됩니다.
원하는 옵션값을 가진 단백질을 선택한 후 다음 버튼을 클릭합니다.
선택한 단백질의 세부 정보를 최종 확인합니다.
추가 버튼을 클릭합니다.
추가된 단백질 체인 정보를 확인합니다.
Target residue를 설정합니다.
모든 체인 중 하나의 Protein 체인에만 설정 가능합니다.
단백질 이름을 확인한 후 저장 버튼을 클릭합니다.
단백질 등록이 완료됩니다.
계산이 완료된 후, 등록한 단백질을 활성화하여 AI 실험을 수행할 수 있습니다.
방법 2. 체인을 직접 추가
단백질의 Sequence 정보를 직접 알고 있는 경우, 체인을 수동으로 추가해 단백질을 등록할 수 있습니다.
커스텀 단백질, 설계된 서열을 사용하는 경우에 적합합니다.
Step-by-step
체인 추가 영역에서 Type을 선택합니다.
지원하는 체인 타입은 다음과 같습니다.
Protein
RNA
DNA
Coenzyme
Inorganic ion
추가하려는 체인의 타입을 선택해 주세요.
Copies 값을 설정합니다.
동일한 체인을 여러 개 추가해야 하는 경우 Copies 수를 설정해 하나의 체인 정의로 여러 체인을 추가할 수 있습니다.
체인 타입에 따라 정보를 입력합니다.
Protein / RNA / DNA: Sequence 정보 입력
Coenzyme: SMILES 입력
Inorganic ion: 이온 정보 선택
Target residue를 설정합니다.
모든 체인 중 하나의 Protein 체인에만 설정 가능
Covalent 결합이 형성될 핵심 residue입니다.
필요에 따라 PTM & Modification을 설정할 수 있습니다.
Protein 타입 체인 하단에서 PTM & Modification 설정을 클릭합니다.
PTM을 설정할 아미노산을 선택합니다.
제공되는 PTM 옵션 중 원하는 값을 선택합니다.
선택 결과를 확인한 후 확인 버튼을 클릭합니다.
단백질 이름을 설정합니다.
저장 버튼을 클릭합니다.
단백질 등록이 완료됩니다.
계산이 완료된 후, 등록한 단백질을 활성화해 AI 실험을 수행할 수 있습니다.
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