분자 등록하기

하이퍼 바인딩 계산을 위한 분자 등록 방법

표적 단백질의 구조를 등록 하였다면 이제 실험하고자 하는 분자들의 구조를 등록합니다.

• [ My Bench ] -> [ 분자 목록 ] ->[ + 분자 추가 ]

• [ + 분자 추가 ] 아이콘을 클릭하면 아래와 같이 분자 구조를 그리기 위한 2D 편집기 창이 열립니다.

분자 구조는 다음의 2가지 방법으로 등록할 수 있습니다:

1. 분자 구조를 직접 등록하기

2. 분자 구조 정보 파일을 업로드하여 등록하기

방법 1. 분자 구조를 직접 등록하기

방법 1.1 편집기를 이용해 분자 그리기

2D 편집기를 사용하여 분자 구조를 직접 그리거나 SMILES 코드를 입력 할 수 있습니다.

1. 캔버스

2. 분자 이름 입력 칸

3. SMILES (Simplified molecular-input line-entry system) 코드 입력 칸

4. 세션 관련 탭 (왼쪽부터) 캔버스 초기화/파일 열기/분자 저장/분자 복사/분자 붙여넣기/분자 자르기

5. 이전 작업 취소, 기존 작업 다시 수행

6. 분자 물성 관련 탭 (왼쪽부터) 분자 방향성(aromatic) 성질 표시/방향성 성질 표시 해제/분자 위치 재조정/분자 형태 정리/분자 CIP 정리/분자 상태 체크하기/분자 물성 계산하기

7. 설정 관련 탭 (왼쪽부터) 편집기 설정/도움/편집기 툴 정보/편집기 창 최대화

8. 캔버스 확대/축소 비율 설정 아이콘

9. 분자 편집 탭 (위에서부터) 분자 이동/Lasso 방식 선택/지우개/결합(Bond) 형태 설정/Chain 입력/분자 입체배치(stereochemistry) 적용/양전하 부여/음전하 부여/자극(S) 그룹 설정/반응(R) 그룹 라벨 설정

10. 원소 선택 탭 (*PT: 원소 주기율표)

11. Ring 구조 선택 탭 (*맨 오른쪽 아이콘은 substructure 라이브러리)

방법 1.2 SMILES 코드 입력하여 분자 그리기

• SMILES 코드를 입력하여 분자 구조를 등록하는 경우, 위 그림 2번의 [ SMILES 입력 ] 아이콘을 클릭한 후, 아래 그림 1번 칸에 SMILES 코드를 입력하여 2번의 [ 추가 ] 버튼을 클릭하면 분자 구조가 캔버스에서 입력되는 것을 확인 할 수 있습니다.

• 다른 곳에서 SMILES 코드를 복사하고(Ctrl+C) 2D 편집기의 캔버스를 마우스 왼쪽 클릭 한 후 붙여넣기(Ctrl+V)하여 분자 구조를 입력 할 수 있습니다.

방법 2. 분자 구조 정보 파일을 업로드하여 등록하기

분자 정보 파일을 업로드하여 등록하는 경우 분자 등록 창 위쪽 탭 중 [ 분자 업로드 ] 탭으로 변경합니다.

1. 분자 파일 업로드 아이콘

2. 파일 확장자 별 예시 파일 다운로드 아이콘

분자 파일 업로드는: 1) [ 파일 업로드 ] 아이콘에 파일을마우스 드래그&드롭을 하거나, 2) [ 파일 업로드 ] 아이콘을 클릭하여 원하는 파일을 선택하여 진행할 수 있습니다.

하이퍼랩에서 지원하는 분자 정보 파일 형식은 SDF, TSV, CSV, CDXML 네 가지며, 각 확장자 별 형식은 아래와 같습니다:

1. SDF: Structural Data File의 약자로 아래와 같은 형식으로 구성되어 있습니다.

1. TSV: 목록 방식으로 작성되어 있으며 {분자이름}{탭}{SMILES} 형식으로 이루어져 있습니다

1. CSV: TSV 확장자 형식과 같이 목록 방식으로 작성되어 있으며 {분자이름},{SMILES} 형식으로 이루어져 있습니다

1. CDXML: ChemDraw XML 파일 확장자로 아래와 같은 포맷을 가지고 있습니다

분자 파일을 업로드하면 아래 그림의 1과 같이 파일이 목록으로 나타나며 2의 [ 추가 ] 버튼을 클릭하여 등록을 완료합니다.

[ 추가 ] 버튼의 오른쪽에 화살표 표시의 아이콘을 클릭하면 파일 업로드와 함께 하이퍼 바인딩이나 Hyper ADME/T 계산을 실행하도록 설정할 수 있습니다.