단백질 구조 불러오기

• 단백질 구조는 세 가지 방법으로 불러올 수 있습니다.

방법 1. PDB ID를 입력하여 불러오기

• 단백질의 3차원 구조가 규명되어 있는 경우 (X-ray, Cryo-EM, NMR 등) PDB ID를 입력하여 정보를 불러올 수 있습니다.

1. [ Structure 신규 등록 ] 아래 [ 타입 ]에서 [ PDB ]를 선택합니다.

1. [ ID ] 란에 PDB ID를 입력합니다. PDB ID는 RCSB에서 찾을 수 있습니다.

1. [ 찾아보기 ] 버튼을 클릭하면 단백질 3차원 구조와 단백질을 구성하는 chain 및 small molecule들의 정보를 확인할 수 있습니다.

방법 2. Alphafold 구조 불러오기

• 단백질 3차원 구조가 실험적으로 규명되어 있지 않은 경우 예측 구조를 활용할 수 있습니다.

1. [ Structure 신규 등록 ] 아래 [ 타입 ]에서 [ Alphafold ]를 선택합니다.

1. [ ID ] 란에 단백질 UniProt ID를 입력합니다. UniProt ID는 UniProt에서 찾을 수 있습니다.

1. [ 찾아보기 ]를 클릭하면 UniProt ID에 해당하는 Alphafold 구조를 불러옵니다.

Alphafold 구조는 약물이 결합한 단백질 구조가 아니기 때문에 약물의 결합 위치 및 구조 정보를 제공하지 않습니다. 따라서 Alphafold 구조를 사용할 경우 사용자가 직접 결합 위치를 정의해야 합니다. (결합 부위 정의하기 (1)).

또한 약물 결합에 의한 구조 변화가 큰 단백질의 경우 Alphafold는 약물의 결합 구조를 예측하는데 적합하지 않을 수 있습니다.

방법 3. PDB 파일 직접 업로드하여 불러오기

• 비공개 단백질 구조나 사용자가 특수한 목적에 따라 변형한 단백질 구조 등의 사용을 원할 경우 구조 파일을 업로드하여 사용할 수 있습니다.

1. [ Structure 신규 등록 ] 아래 [ 타입 ]에서 [ Custom ]을 선택합니다.

1. [ 찾아보기 ] 버튼을 클릭하면 파일 검색창이 열립니다.

1. 사용하고자 하는 PDB 파일을 선택한 후, [ 열기 ] 버튼을 누르면 구조를 불러올 수 있습니다.

in silico point mutation 등 변형한 단백질 구조가 필요한 경우, 해당 방법으로 단백질 구조를 불러올 수 있습니다.