2024-01-13 업데이트 노트

2024년 1월 13일 하이퍼랩의 업데이트 노트입니다.

하이퍼랩 변경 사항

1. 분자 물성 추가

분자 내 제공되는 Physicochemical properties와 ADME/T 결과에 신규 항목이 추가되었습니다.

신규 추가되는 항목들은 업데이트 이후에 추가되거나 계산이 진행된 분자에 대해서 확인할 수 있습니다.

(1) Physicochemical properties

신규 물성	설명
Lipinski rule	Lipinski rule 통과 여부입니다. (기준: MW ≤ 500, logP ≤ 5, Hacc ≤ 10, Hdonor ≤5)
Veber’s(GSK) rule	이 규칙을 만족하는 분자는 상대적으로 좋은 ADMET 프로필을 가질 가능성이 높습니다. (기준: MW ≤ 400, logP ≤ 4)

(2) ADME/T

신규 물성	설명
CYP substrate CYP1A2	화합물이 CYP1A2의 기질로 예측될 시 "Yes"로 표시됩니다.
CYP substrate CYP2C19	화합물이 CYP2C19의 기질로 예측될 시 "Yes"로 표시됩니다.
CYP substrate CYP2C9	화합물이 CYP2C9의 기질로 예측될 시 "Yes"로 표시됩니다.
CYP substrate CYP2D6	화합물이 CYP2D6의 기질로 예측될 시 "Yes"로 표시됩니다.
CYP substrate CYP3A4	화합물이 CYP3A4의 기질로 예측될 시 "Yes"로 표시됩니다.
druglikeness	알려진 약물들의 분포를 기반으로 druglikeness를 예측합니다 [Chem. Sci. 13: 554 (2022)]. 100에 가까울수록 druglikeness가 높으며, 대표적인 화합물 데이터베이스에 대한 평균값은 다음과 같습니다. FDA 승인 약물들: 74.5 ChEMBL 분자들: 60.5 GDB-17 분자들: 40.5
Synthesis complexity	구매 가능한 building block들과 잘 정립된 화학 반응들로 화합물을 합성하기까지 필요한 단계의 수를 예측합니다 [J. Chem. Inf. Model. (2023)].

2. 3D Viewer 개선

3D Viewer의 기능이 일부 업데이트되었습니다.

(1) 3D Viewer 기본 보기 방식 개선

• Protein의 secondary structure의 기본 보기 방법이 전체 protein 구조가 ribbon으로 표현되는 방법으로 바뀌었습니다.

• Protein binding site residue의 색상이 Protein의 secondary structure의 색상과 일치되도록 변경되었습니다.

• Ligand의 기본 보기 방식이 기존 “Ball and Chain”에서 stick으로 변경되었습니다.

• Residue label의 글자 크기가 크게 확대되었습니다.

(2) 3D Viewer 내 분자 전환 기능 개선

Ligand Display의 기존 돋보기 아이콘을 개별로 클릭해서 분자를 전환하던 방식에서 [다음, 이전] 버튼을 추가하였습니다.

상단의 [<, >] 버튼을 통해 돋보기 아이콘을 전환할 수 있으며, 방향키(상하좌우)를 통해서도 분자를 전환할 수 있습니다.

3. Protein Structure 설정 관련 문의 기능 추가

Protein Structure 화면에서 Binding Site 설정 또는 단백질 구조 설정에 어려움이 있을 경우, 빠르게 문의할 수 있는 기능을 추가하였습니다.

Protein Structure 추가 중 문의사항이 있을 경우, 아래 이미지 상에 표시된 링크를 클릭하여 빠르게 문의하여 답변을 받을 수 있습니다.

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Bug fix

버그 픽스 및 안정성이 개선되었습니다.